首先得拆解你两种调用方式的本质差异，这是搞懂问题的核心：

为什么绝对路径调用正常？ #

/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/bin/tool 是你运行 setup.py install 后，Python自动生成的可执行入口脚本。这个脚本已经被setup.py配置好了：它会绑定你安装时用的那个3.6版本解释器，并且明确知道去哪里找到你的tool模块的__main__入口，所以能正常运行。

为什么python3 tool --help会报错？ #

这个命令的逻辑和绝对路径调用完全不同，报错大概率是以下几种情况之一：

1. 用错了模块运行的语法 #

直接写python3 tool会让Python把tool当成一个单独的.py文件来查找，但你的__main__.py应该是在tool这个包目录里（比如project/tool/__main__.py）。正确运行模块的方式是用-m参数，告诉Python去查找并运行整个模块：

# 如果你在项目源码根目录下
python3 -m tool --help

2. 当前目录不对，Python找不到你的模块 #

如果你不在项目源码目录下，或者tool模块所在的路径没被加入Python的sys.path，Python就找不到这个模块。这时候即使加了-m参数也会报错，解决办法要么切换到项目根目录，要么临时把项目路径加入PYTHONPATH：

# 临时添加项目路径到PYTHONPATH
export PYTHONPATH=/path/to/your/project:$PYTHONPATH
python3 -m tool --help

3. 多个Python环境冲突（最可能的原因） #

看报错信息里的解释器路径是/usr/local/bin/python3.6，但你安装包用的是/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/bin/python3——这两个大概率是不同的Python环境！也就是说，你把tool安装到了前者的site-packages里，但运行python3时调用的是后者的解释器，这个环境里根本没装你的tool包，自然找不到__main__模块。

验证这个问题的方法：

# 查看当前python3指向哪个解释器
which python3
# 查看你安装时用的python3指向哪个
cd project && which python3

如果输出路径不一样，就实锤是环境冲突了。解决办法是用安装时的那个解释器来运行：

/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/bin/python3 -m tool --help

或者直接用绝对路径的tool脚本运行，这是最稳妥的方式。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者mealesbia