我碰到过类似的场景，问题根源通常是R的system()调用环境和直接shell执行的环境存在差异，或者LibreOffice对输出路径、运行权限有隐性要求。下面是几个经过验证的解决方案：

方案1：明确指定输出目录到可写路径 #

默认情况下LibreOffice会把转换后的PDF输出到当前工作目录，但R运行时的当前目录可能没有写入权限（比如容器里R的默认工作目录可能是非root用户的专属路径）。你可以强制指定输出到权限充足的/tmp目录：

在R中执行：

system("loffice --headless --convert-to pdf --outdir /tmp /tmp/foo.xlsx")

这个方法能解决大部分因为输出路径权限不足导致的错误。

方案2：确保LibreOffice的库路径被正确加载 #

虽然你已经通过ldconfig配置了库路径，但R的system()调用可能不会继承完整的系统环境变量。可以在命令中显式指定LD_LIBRARY_PATH：

system("LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/libreoffice/program loffice --headless --convert-to pdf --outdir /tmp /tmp/foo.xlsx")

方案3：使用虚拟显示环境运行LibreOffice #

某些版本的LibreOffice即使在headless模式下，也依赖基础的显示环境。可以通过安装xvfb来提供虚拟显示：

第一步：修改Dockerfile添加xvfb #

FROM rocker/r-ver:3.4.3

RUN apt-get update \
 && apt-get install --yes --no-install-recommends \
    default-jre-headless libreoffice-calc xvfb \
 && apt-get clean \
 && rm -rf /var/lib/apt/lists/* \
 && echo /usr/lib/libreoffice/program > /etc/ld.so.conf.d/libreoffice.conf \
 && ldconfig

COPY foo.xlsx /tmp

第二步：在R中用xvfb-run包裹命令 #

system("xvfb-run -a loffice --headless --convert-to pdf --outdir /tmp /tmp/foo.xlsx")

-a参数会自动寻找可用的虚拟显示端口，避免端口冲突。

方案4：切换到非root用户运行R #

虽然你在命令行用root运行正常，但LibreOffice在root用户下运行可能存在兼容性问题（部分版本会拒绝root执行）。可以在Dockerfile中创建普通用户，切换用户后运行R：

FROM rocker/r-ver:3.4.3

RUN apt-get update \
 && apt-get install --yes --no-install-recommends \
    default-jre-headless libreoffice-calc \
 && apt-get clean \
 && rm -rf /var/lib/apt/lists/* \
 && echo /usr/lib/libreoffice/program > /etc/ld.so.conf.d/libreoffice.conf \
 && ldconfig \
 && useradd -m ruser

COPY foo.xlsx /tmp
USER ruser
WORKDIR /home/ruser

然后在R中执行命令时，确保输出目录是当前用户可写的（比如/home/ruser或者/tmp）。

建议先尝试方案1和方案2，这两个改动最小，大概率能解决你的问题。如果还是不行，再尝试方案3或4。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ralf Stubner