关于R包fields中rdist.earth函数非零对角元距离矩阵的疑问

让我来逐个解答你的两个问题：

这其实是R的数值显示机制在起作用：

• 当数值是严格的0时，R会默认用更简洁的小数位格式展示（比如这里的0.0000000），避免不必要的冗余。
• 但当遇到一个非常小的非零值时，R会自动调整该列的显示精度，展示足够多的小数位来明确区分这个值和真正的0——毕竟0.000059058368虽然极小，但确实不是0。
• 另外矩阵的打印逻辑会尽量统一整列的格式，所以当某一列里有需要更多小数位才能完整呈现的数值时，整列都会采用这个精度，这就导致第二列的小数位数比另外两列多。

这个问题的核心是浮点数精度误差，结合rdist.earth()的计算逻辑来看：

• 理论上同一个点到自身的球面距离肯定是0，但rdist.earth()是基于经纬度的浮点数值进行计算的。计算机存储浮点数（比如R里的double类型）时，无法完全精确表示所有十进制小数，会存在极其微小的精度损失。
• 当计算自身距离时，虽然输入的是同一个点，但在底层公式运算中，可能因为浮点数的微小偏差，最终输出一个接近0但非零的极小值。
• 另一种可能是你输入的第二个点的经纬度数据，在存储或输入时存在极细微的差异（比如小数点后第10位之后的不同），看起来是同一个点，但实际数值有微小区别，这也会让计算出的距离不是严格的0。

如果想要彻底解决这个问题，可以在计算后手动将对角元强制设为0，代码示例：

# 假设你的距离矩阵是dist_matrix
dist_matrix <- rdist.earth(your_coordinate_data)
diag(dist_matrix) <- 0

内容的提问来源于stack exchange，提问作者someguyinafloppyhat