关于Fastq文件中Cluster position的单位及间距的技术问询

我来帮你理清楚这个问题——毕竟Illumina的这些硬件细节确实藏得很深：

• 坐标单位本质：FASTQ头部里的x、y数值既不是微米，也不是Illumina特有的物理距离单位，它们是测序仪成像系统的相机传感器像素坐标。这些值直接对应CCD/CMOS传感器上的像素位置，和物理尺寸没有公开的直接换算公式。
• 关于间距的疑问：你提到的两个cluster（x=941,y=1973 和 x=931,y=1973）之间的像素差是10，但绝对不能等同于10微米。要把像素转换成物理距离，必须知道传感器的像素尺寸、成像系统的放大倍率——而这些正是Illumina列为“专有信息”的内容，不会对外公开。
• 额外实用提示：这类坐标主要用于Illumina内部的质控排查（比如定位成像异常的cluster），对于常规的测序数据分析（比如比对、变异检测）来说，基本不需要解读这些数值。如果实在需要粗略估算物理距离，行业里有一些基于旧型号公开文献的非官方推测（比如早期HiSeq系统的单像素大概对应0.1微米左右），但不同测序仪型号差异极大，这个数值完全不能作为精确参考。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者mitoRibo