解决R中system2调用带终端输入的FORTRAN编译可执行文件失效问题

我之前也遇到过类似的情况——直接在终端里用<重定向输入没问题，但用system2就卡壳了。这是因为system2的设计逻辑和终端shell不一样，它不会自动解析命令里的重定向符号，得换个方式处理，这里有两个靠谱的解决方案：

方法1：用system2的stdin参数指定输入文件 #

这是最推荐的方式，符合system2的设计规范，跨平台兼容性也更好：

# 直接将输入文件传给stdin参数
system2("pm.exe", stdin = "pm.resp")

这样R会自动把pm.resp的内容作为pm.exe的输入，和终端里的pm.exe < pm.resp效果完全一致。

方法2：用system函数调用shell解析重定向 #

如果你更习惯终端的写法，也可以用基础的system函数，让它通过系统shell来执行完整的命令：

# 让shell处理重定向符号
system("pm.exe < pm.resp", intern = FALSE)

intern=FALSE是默认值，它表示不捕获程序的输出，让程序按正常流程生成输出文件。

额外注意事项 #

• 路径要准确：如果pm.exe或pm.resp不在当前工作目录，一定要用绝对路径，比如用file.path(getwd(), "pm.resp")生成正确的路径，避免因为找不到文件导致失败。
• 权限检查：确保R有读取pm.resp和执行pm.exe的权限，Windows下如果程序需要管理员权限，记得右键以管理员身份运行R。
• 排查错误：如果还是不行，可以捕获错误信息来定位问题：

  # 将错误信息写入日志文件
  system2("pm.exe", stdin = "pm.resp", stderr = "pm_error.log")
  # 或者直接在控制台显示错误
  system2("pm.exe", stdin = "pm.resp", stderr = "")
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者rjss