安装R包h5r遇configure错误：无法找到HDF5，求技术解决方案

我之前在Ubuntu上安装依赖HDF5的R包时也碰到过完全一样的问题——明明已经装了所有相关的dev库，configure脚本就是找不到HDF5。给你几个针对性的解决方案，按顺序试试：

• 先定位HDF5的实际安装路径
  打开终端运行以下命令之一，获取HDF5的头文件和库文件路径：

  h5cc -show
  # 或者
  pkg-config --cflags --libs hdf5
  

  输出里会包含类似/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/这样的路径，记下来这个根路径（比如去掉后面的lib或include部分，保留到hdf5/serial这一级）。

• 安装时手动指定HDF5路径
  在R里安装h5r的时候，通过configure.args参数告诉脚本HDF5的位置，把刚才查到的路径替换进去：

  install_version("h5r", "1.4.7", configure.args = c("--with-hdf5=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/"))
  

  如果用pkg-config的方式，也可以写成：

  install_version("h5r", "1.4.7", configure.args = "--with-hdf5=$(pkg-config --prefix hdf5)")
  

• 通过环境变量指定HDF5路径
  先在终端设置环境变量，再启动R安装：

  export HDF5_DIR=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/
  R
  

  然后在R里正常执行install_version("h5r", "1.4.7")即可，configure脚本会自动读取HDF5_DIR环境变量。

• 检查HDF5版本分支
  Ubuntu的HDF5有serial（单线程）和parallel（多线程，依赖openmpi）两个分支，如果你安装的是libhdf5-openmpi-dev，路径会变成/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/openmpi/，要对应调整上面的路径参数。

很高兴看到你已经根据评论建议成功解决了问题，如果上面的方法里有帮到你的，或者你有其他可行的方案，也可以补充出来帮助其他遇到同样问题的开发者~

内容的提问来源于stack exchange，提问作者bgbrink