嘿，这其实是R包安装的常规行为，我来给你拆解清楚：

为什么安装后的库目录里找不到.R和.cpp文件？ #

当你从源码构建并安装R包时，R默认不会把原始源码文件复制到最终的库目录里：

• 对于R/下的.R文件，R会将它们编译成二进制格式的.rdb和.rdx文件（存放在安装目录的Meta/子文件夹），这些编译后的文件加载速度更快，所以原始.R不会被保留在安装目录。
• 对于src/下的.cpp文件，R会调用编译器（比如g++）把它们编译成平台相关的二进制库文件（CentOS上是.so文件），存放在安装目录的libs/子文件夹，原始的C++源码自然也不会被复制过去。

这种设计的核心目的是减小安装包的体积，同时提升包的加载效率。

你的原始源码文件在哪里？ #

它们还好好待在你当初用来构建包的源码目录里——就是你运行R CMD INSTALL或者devtools::install()命令时所在的那个DESeq2文件夹。比如你如果是从GitHub克隆的仓库，那DESeq2/R/和DESeq2/src/下面就保留着所有原始的.R和.cpp文件，不会因为安装操作而被移动或删除。

调试DESeq2的正确姿势 #

你不需要把源码文件放到安装库目录才能调试，正确的做法是直接在源码目录里工作：

1. 打开R，切换工作目录到DESeq2源码根目录：

   setwd("/path/to/your/DESeq2/source/folder")
   

2. 使用devtools::load_all()函数加载整个包的源码：

   library(devtools)
   load_all()
   

   这个命令会自动编译src/下的C++代码（如果有修改），并加载R/下的所有R函数，相当于在R会话中“临时安装”了源码版本的包，你可以直接修改源码后重新运行load_all()来测试。
3. 调试细节：
   • 针对R函数：用debug(your_function)或者debugonce(your_function)设置断点，逐步执行代码。
   • 针对C代码：如果你的环境安装了gdb（CentOS上可以用yum install gdb安装），可以在RStudio中开启C调试功能，或者在终端用R -d gdb启动R来调试编译后的代码。

额外小技巧（不推荐常规使用） #

如果你确实需要让安装后的包保留.R源码文件，可以在安装时加上--with-keep.source参数：

R CMD INSTALL --with-keep.source /path/to/DESeq2

这样安装目录的R/子文件夹会保留原始.R文件，但src/的.cpp文件仍然不会被复制，因为编译后的二进制库已经替代了它们的功能。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者irritable_phd_syndrome