如何在RStudio RMarkdown knitr中取消read_chunk的缓存？

嘿，这个问题我太熟了——这就是knitr的缓存机制在“偷懒”呢！当你运行{r setup}块时，knitr默认会缓存它的执行结果，哪怕你修改了外部的example.R，只要setup块的缓存没被触发更新，就会一直用之前加载的旧代码结果。

下面给你几个实用的解决办法：

• 禁用setup块的缓存：直接在setup块的选项里加上cache=FALSE，修改后的块定义如下：

  {r setup, cache=FALSE}
  source("example.R")
  

  这样每次运行setup块时，都会重新读取并执行example.R的最新内容，彻底避免缓存干扰。

• 手动清除现有缓存：如果你不想修改块设置，可以手动清理缓存文件：

  • 找到你的Rmd文件所在目录下的_cache文件夹，删除里面对应setup块的缓存子目录；
  • 或者在RStudio中，点击Knit按钮旁边的下拉箭头，选择「Clear Knitr Cache」，之后再重新运行代码块即可。

• 让缓存自动检测外部文件变化：如果你想保留缓存功能（比如setup块里有其他耗时操作），可以用cache.extra参数让knitr跟踪example.R的修改时间。修改setup块如下：

  {r setup, cache=TRUE, cache.extra=file.mtime("example.R")}
  source("example.R")
  

  这样只要example.R的内容被修改（文件修改时间变化），knitr就会自动重新运行setup块，加载最新的代码。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者pluke