Mac OSX Yosemite下RcppGSL安装问题求助

作为资深R用户，第一次碰C++和Rcpp确实容易在依赖库上卡壳，我帮你梳理下Mac Yosemite上搞定RcppGSL的关键步骤：

第一步：先搞定系统级的GSL库安装 #

RcppGSL只是R和GSL之间的接口，必须先让系统有完整的GSL库。Yosemite版本比较老，官方Homebrew已经停止支持了，得换个适配的方式：

• 如果你之前装过Homebrew，先切换到支持旧系统的分支：

  cd $(brew --repo)
  git checkout 2.2.0  # 这个版本是最后支持Yosemite的Homebrew稳定版
  brew update
  

• 接着安装GSL：

  brew install gsl
  

• 如果Homebrew这条路走不通，就手动编译GSL：
  1. 下载GSL 1.16版本的源码包（这个版本完美兼容Yosemite）
  2. 解压后打开终端进入源码目录，执行：

     ./configure --prefix=/usr/local
     make
     sudo make install
     

     这样GSL会被安装到/usr/local目录，R能自动识别这个标准路径。

第二步：在R中安装RcppGSL #

安装前需要明确告诉R GSL的位置，直接在R控制台运行：

install.packages("RcppGSL", configure.args = "--with-gsl=/usr/local")

如果你手动把GSL装到了其他路径，把/usr/local换成你实际的安装目录即可。

第三步：测试极简示例 #

假设你的测试代码是调用GSL线性代数函数的类型，比如：

#include <RcppGSL.h>
#include <gsl/gsl_linalg.h>

// [[Rcpp::depends(RcppGSL)]]
// [[Rcpp::export]]
Rcpp::NumericVector solveLinear(Rcpp::NumericMatrix A, Rcpp::NumericVector b) {
  RcppGSL::Matrix gslA(A);
  RcppGSL::Vector gslB(b);
  gsl_linalg_HH_solve(gslA, gslB);
  
  return Rcpp::wrap(gslB);
}

用sourceCpp()运行时如果报错找不到库，可以先在R里手动设置环境变量：

Sys.setenv(PKG_CFLAGS="-I/usr/local/include")
Sys.setenv(PKG_LIBS="-L/usr/local/lib -lgsl -lgslcblas")
sourceCpp("你的代码文件.cpp")

常见坑点排查 #

• 若编译时出现ld: library not found for -lgsl，检查/usr/local/lib下是否有libgsl.dylib和libgslcblas.dylib文件，没有的话重新安装GSL；有的话确认configure.args里的路径是否正确。
• 确保你安装了Xcode 7.3.1（最后支持Yosemite的Xcode版本），并且执行过xcode-select --install安装命令行工具，否则编译会因为缺少编译器环境失败。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者IJK