我之前在Windows上用Eclipse+MinGW-w64配置gtkmm3的时候，也碰到过类似的pkg-config插件复选框异常的情况。结合你已经完成的基础配置（MSYS2、工具链、PATH设置都没问题），给你几个实用的排查和解决步骤：

• 确认Eclipse中pkg-config的路径和环境变量是否正确
  有时候Eclipse会因为环境变量加载的问题，找不到正确的pkg-config配置：

  1. 打开Window > Preferences > C/C++ > Build > Environment，检查是否存在PKG_CONFIG_PATH变量，值需要指向MinGW-w64下gtkmm的pkgconfig目录，比如64位系统一般是C:\msys64\mingw64\lib\pkgconfig，32位则对应mingw32目录。如果没有这个变量，手动添加它。
  2. 进入项目的Properties > C/C++ Build > Settings > Pkg-config页面，把“Pkg-config executable”的路径直接指定为MinGW-w64的pkg-config.exe（比如C:\msys64\mingw64\bin\pkg-config.exe），不要依赖PATH自动查找，避免Eclipse误选MSYS2的版本。

• 先在控制台验证pkg-config的可用性
  先排除系统层面的问题：打开普通Windows控制台，运行以下两个命令：

  pkg-config --cflags gtkmm-3.0
  pkg-config --libs gtkmm-3.0
  

  如果能输出一串编译参数和链接库参数，说明系统层面的gtkmm3和pkg-config是正常的，问题就出在Eclipse插件上；如果命令报错，那得先修复MSYS2的安装，比如重新执行pacman -S mingw-w64-x86_64-gtkmm3（64位）或者对应的32位包。

• 清除Eclipse pkg-config插件的缓存
  插件的缓存文件损坏也会导致列表选择异常：

  1. 关闭Eclipse，找到你的工作区目录，进入.metadata/.plugins/org.eclipse.cdt.pkgconfig.core文件夹，删除里面的所有文件（这些是插件的缓存数据）。
  2. 重启Eclipse，回到Pkg-config页面刷新列表，再尝试选择gtkmm-3.0，看看是否恢复正常。

• 绕过插件，手动添加编译链接参数
  如果插件实在顽固，可以直接手动配置编译参数，完全替代pkg-config插件的功能：

  1. 打开项目的Properties > C/C++ Build > Settings > GCC C++ Compiler > Includes，把pkg-config --cflags gtkmm-3.0输出的所有-I开头的路径逐个添加到“Include paths (-I)”里。
  2. 切换到GCC C++ Linker > Libraries，把pkg-config --libs gtkmm-3.0输出的所有-l开头的库名添加到“Libraries (-l)”，同时把对应的库路径（比如C:\msys64\mingw64\lib）添加到“Library search path (-L)”。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Androprise