CentOS 6安装R包lubridate：Makevars未正确覆盖g++问题

我之前也遇到过一模一样的情况——CentOS 6默认的gcc 4.4.7完全满足不了lubridate对C++11特性的要求，手动编译gcc 4.9后配置~/.R/Makevars也踩了好几个坑。结合我的踩坑经验，给你几个排查和解决的方向：

1. 检查~/.R/Makevars的配置是否完整 #

很多人只设置了基础的CC和CXX变量，但忽略了C11相关配置和库路径指定，这会导致即使调用了gcc 4.9，编译时还是会链接到系统旧库或者不启用C11标准。正确的配置应该类似这样：

# 替换成你gcc4.9的实际安装路径，比如/usr/local/gcc4.9/bin
CC=/usr/local/gcc4.9/bin/gcc
CXX=/usr/local/gcc4.9/bin/g++
CXX11=/usr/local/gcc4.9/bin/g++
CXX11STD=c++11
# 指定头文件和库路径，避免链接系统旧库
CPPFLAGS="-I/usr/local/gcc4.9/include"
LDFLAGS="-L/usr/local/gcc4.9/lib64 -Wl,-rpath,/usr/local/gcc4.9/lib64"

注意：如果是32位系统，把lib64改成lib；路径一定要和你实际编译安装gcc4.9的位置一致，别写错了。

2. 先验证gcc 4.9本身是否能正常工作 #

有时候不是R的问题，是你编译的gcc4.9本身就存在依赖缺陷。先在终端里跑这几个命令确认：

• 检查版本：/usr/local/gcc4.9/bin/gcc --version，确保输出是4.9.x
• 测试C++11编译：写个简单的测试文件test.cpp：

  #include <iostream>
  int main() {
      auto num = 123;
      std::cout << "Test C++11: " << num << std::endl;
      return 0;
  }
  

  然后编译运行：

  /usr/local/gcc4.9/bin/g++ -std=c++11 test.cpp -o test
  ./test
  

如果运行失败，说明你的gcc4.9编译时依赖没装全，建议重新编译或者换用下面更省心的SCL方案。

3. 清理R的编译缓存后重新安装 #

R会缓存之前的编译配置，即使你改了Makevars，旧缓存可能还在干扰。按这个步骤来：

1. 打开R，先卸载残留的lubridate（如果有的话）：remove.packages("lubridate")
2. 设置强制重新编译：Sys.setenv(R_COMPILE_AND_INSTALL_PACKAGES="always")
3. 从源码安装：install.packages("lubridate", type="source")
   或者直接用命令行编译安装，更直观：

# 先从CRAN下载lubridate的源码包，替换成你下载的版本号
R CMD INSTALL --configure-args="CXX=/usr/local/gcc4.9/bin/g++ CXX11=/usr/local/gcc4.9/bin/g++" lubridate_1.9.2.tar.gz

4. 最省心的方案：用CentOS SCL的devtoolset-3 #

手动编译gcc太容易踩库依赖的坑，CentOS 6的软件集合（SCL）里有官方维护的gcc4.9包，叫devtoolset-3，完全适配CentOS6的系统环境，步骤更简单：

1. 安装SCL源：yum install centos-release-scl
2. 安装devtoolset-3：yum install devtoolset-3-gcc devtoolset-3-gcc-c++
3. 启用devtoolset-3：scl enable devtoolset-3 bash
4. 现在启动R，直接安装lubridate：install.packages("lubridate")
   这个方法不需要改Makevars，启用SCL后，当前终端的gcc/g++默认就是4.9版本，完全满足lubridate的要求。

如果还是有问题，建议把安装时的具体报错信息贴出来，这样能更精准地定位问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者jearl