我刚好处理过类似的需求，给你几个实用的方案，不管在线还是离线都能轻松实现仅审阅注释部分并嵌入批注的需求：

离线方案 #

1. RStudio原生批注功能 #

RStudio支持直接给文档行添加私人/共享批注：

• 找到你要审阅的注释行（不管是#开头的R注释还是<!-- -->的HTML注释），右键点击行号区域，选择「Add Note」；
• 输入你的批注内容，这些批注会以侧边标记的形式显示，完全不会影响文档的编译输出；
• 要分享给同事的话，直接把.Rmd文件和同目录下的.Rproj.user文件夹里的批注文件一起发送，对方用RStudio打开就能看到所有批注。

2. Quarto升级版批注支持 #

如果你愿意切换到Quarto（Rmarkdown的官方升级版），它的编辑器原生支持更完善的协作批注：

• 选中注释文本，点击编辑器顶部的「Comment」按钮添加批注；
• 批注会被存在专门的.qmd附属文件里，编译时不会被包含，同事打开项目就能直接看到所有批注，体验和Word审阅模式几乎一致。

在线方案 #

1. GitHub/GitLab Pull Request 精准批注 #

如果你们用Git协作，这是最规范的方式：

• 把Rmarkdown文档上传到Git仓库，同事发起Pull Request；
• 在PR的文件预览界面，直接定位到所有注释行（可以用页面搜索功能找#或<!--），点击行号旁的「+」添加评论；
• 所有批注都集中在PR的讨论区，不会修改原文档内容，后续可以选择把批注整理到文档注释里，或者直接让对方查看PR评论记录。

2. Overleaf 审阅模式适配Rmarkdown #

Overleaf不仅支持LaTeX，也完美兼容Rmarkdown：

• 把.Rmd文件上传到Overleaf项目，开启顶部的「Review」模式；
• 直接在注释文本旁添加批注，这些批注会以侧边气泡的形式显示，编译PDF/HTML时不会出现；
• 同事可以实时看到批注，还能回复讨论，完全复刻Word/Overleaf的审阅体验。

小技巧：快速定位注释部分 #

不管用哪种方案，都可以用编辑器的搜索功能快速筛选出所有注释行：

• 搜索^#（匹配行首的R注释）或<!--（匹配HTML注释），就能精准定位到需要审阅的内容，避免误操作代码块。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者akyves