使用devtools::check()执行R CMD check时非标准文件NOTE的解决方法

这是个很常见的问题，别担心！当你编译README.Rmd生成图片时，默认会把它们放在包的顶层目录，但devtools::check()（本质是调用R CMD check）对包根目录的文件有严格规范，这些自动生成的带chunk编号的图片不属于标准包结构的一部分，所以会抛出NOTE。下面是几个实用的解决办法：

方法1：指定图片输出到子目录（推荐） #

这是最规范的做法，符合R包的文件结构要求：

• 在包根目录创建一个子目录，比如man/figures（这是roxygen2官方推荐的存放文档相关图片的位置）
• 在README.Rmd的开头添加代码块，设置图片输出路径：

  knitr::opts_chunk$set(fig.path = "man/figures/")
  

• 重新编译README.Rmd，此时生成的图片会自动放到man/figures目录下，顶层不会再出现那些README-unnamed-chunk-*-1.png文件
• 记得手动删除顶层已经存在的旧图片文件

方法2：用.Rbuildignore忽略这些文件 #

如果暂时不想调整图片路径，可以通过忽略文件来绕过这个NOTE：

• 打开包根目录的.Rbuildignore文件（如果没有就新建一个）
• 添加以下内容，用通配符匹配所有这类自动生成的图片：

  ^README-unnamed-chunk-.*\\.png$
  

• 保存文件后重新运行devtools::check()，这些图片就会被R CMD check忽略。不过这种方法只是临时规避，不是最优解，因为顶层目录还是会有冗余文件

方法3：用devtools::build_readme()编译README #

devtools提供了专门的函数来处理README编译，帮你自动管理图片路径：

• 直接在R控制台运行：

  devtools::build_readme()
  

• 这个函数会自动把生成的图片放到man/figures目录，无需手动设置路径，一步解决问题

额外注意 #

如果用方法1或3，确保README中引用图片的路径是正确的——不过不用担心，knitr在编译时会自动根据fig.path更新markdown里的图片链接，不需要手动修改。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Joshua Rosenberg