Snakemake集群作业配置与主配置访问问询

嗨，你的思路完全可行，但得把slurm/config.yaml里的Cluster配置补全正确才行～

你想要的作业命名格式smk-{config["simulation"]}-{rule}-{wildcards}是可以通过Snakemake的模板变量实现的，只需要把你的Slurm profile配置调整成下面这样：

executor: slurm
jobs: 64
latency-wait: 30
cluster: |
  sbatch
  --partition=workq
  --job-name="smk-{config[simulation]}-{rule}-{wildcards}"

这里有几个关键点要注意：

• 用|来多行定义cluster命令，这样格式更清晰，也能正确解析每一行的参数
• 配置里引用主config的simulation项时，直接写config[simulation]就行，不需要加引号
• Snakemake会自动解析{rule}（当前规则名）和{wildcards}（当前通配符组合，默认用下划线拼接多个通配符变量）

之后你运行你原本的命令就没问题了：

snakemake --profile slurm --configfile myconfig.yaml

额外提醒下：要确保你的myconfig.yaml里确实存在simulation这个配置项哦，不然运行时会报找不到配置的错误。如果后续想自定义通配符的显示格式，也可以在规则里通过自定义函数来处理，但默认的拼接方式已经能满足大部分需求啦。

备注：内容来源于stack exchange，提问作者Kiffikiffe