如何修改knitr的\label{}行为以添加PDF超链接锚点？

先理一理你的需求演变：最开始你想修改knitr在生成LaTeX figure环境时的行为，把默认的\label{}替换成自定义的\alabel{}（你定义的这个命令会同时执行\label{foo}和\hypertarget{foo}{}，用来实现PDF里的精准跳转），后来你调整了思路，转而通过解析LaTeX的辅助文件来生成跳转链接，最后采用了Werner的方案，同时还给出了一套无需hypertarget的R实现方案。下面我把这些内容整理清楚：

一、如果要修改knitr生成\label的行为（最初需求） #

如果你还是想尝试在figure环境里直接添加\hypertarget{}，可以通过重写knitr的figure钩子函数来实现。这个钩子可以控制figure环境的开头和结尾输出内容，我们可以在输出默认\label{}的同时追加\hypertarget{}：

knit_hooks$set(figure = function(before, options, envir) {
  if (before) {
    # 输出figure环境的开头部分
    paste0('\\begin{figure}\n', '\\centering\n')
  } else {
    # 处理标签部分：如果有label，就同时输出hypertarget和label
    label_content <- if (!is.null(options$label)) {
      paste0('\\hypertarget{', options$label, '}{}\n', '\\label{', options$label, '}\n')
    } else ""
    # 输出figure环境的结尾
    paste0(label_content, '\\end{figure}\n')
  }
})

把这段代码放在你的.Rnw文档开头的R代码块里，knitr生成figure时就会自动添加对应的\hypertarget{}了。

二、解析LaTeX辅助文件生成跳转链接（调整后的方案） #

你后来觉得不生成hypertarget，而是通过解析.aux和.pag文件来生成带物理页码的PDF链接更合适，这个方案还能处理物理页码和逻辑页码不匹配的情况（比如用“章节号-页码”这种逻辑编号），具体步骤如下：

1. 添加LaTeX代码生成页码映射文件 #

在你的.Rnw文档的preamble部分（或者单独的.sty文件里）加入这段LaTeX代码，它会生成一个.pag文件，记录逻辑页码到物理页码的对应关系：

% Creates .pag file mapping absolute page numbers to logical page 
% numbers; works with R function latexRef 
\newwrite\pgfile 
\immediate\openout\pgfile=\jobname.pag 
\newcounter{abspage} 
\setcounter{abspage}{0} 
\usepackage{everypage} 
\AddEverypageHook{% 
  \addtocounter{abspage}{1} 
  \immediate\write\pgfile{\thepage, \theabspage}% 
} 
\AtEndDocument{\clearpage\immediate\closeout\pgfile}

2. 使用R函数解析辅助文件生成链接 #

下面的latexRef函数可以读取.aux和.pag文件，提取标签对应的页码，然后生成Markdown或LaTeX格式的跳转链接：

## Create hyperlink to appropriate physical page in a pdf document 
## created by pdflatex given the .aux and .pag file. Absolute and 
## named page numbers are store in the .pag file created by hslide.sty 
latexRef <- function(label, base, name, path='doc/', blogpath='/home/harrelfe/R/blog/blogdown/static/doc/', lang=c('markdown', 'latex')) { 
  lang <- match.arg(lang) 
  aux <- paste0(blogpath, base, '.aux') 
  if(! file.exists(aux)) stop(paste('no file named', aux)) 
  path <- paste0(path, base, '.pdf') 
  pag <- paste0(blogpath, base, '.pag') 
  pagemap <- NULL 
  if(file.exists(pag)) { 
    p <- read.table(pag, sep=',') 
    pagemap <- trimws(p[[2]]) 
    names(pagemap) <- trimws(p[[1]]) 
  } 
  r <- readLines(aux) 
  w <- paste0('\\\\newlabel\\{', label, '\\}') 
  i <- grepl(w, r) 
  if(! any(i)) stop(paste('no label =', label)) 
  r <- r[i][1] 
  r <- gsub('\\{', ',', r) 
  r <- gsub('\\}', ',', r) 
  x <- scan(text=r, sep=',', what=character(0), quiet=TRUE) 
  section <- x[5] 
  if(section != '') section <- paste0(' Section ', section) 
  page <- trimws(x[7]) 
  if(length(pagemap)) page <- pagemap[page] 
  url <- paste0('http://fharrell.com/', path, '#page=', page) 
  switch(lang, 
         markdown = paste0('[', name, section, '](', url, ')'), 
         latex = paste0('\\href{', url, '}{', name, section, '}') 
  ) 
}

3. 使用示例 #

比如你要生成一个指向标签fig:scatter-plot的Markdown链接，只需要在R代码块里调用：

latexRef(label = 'fig:scatter-plot', base = 'my-report', name = 'Scatter Plot', lang = 'markdown')

它会返回类似[Scatter Plot Section 3](http://fharrell.com/doc/my-report.pdf#page=8)的链接，直接插入到你的文档里就行。

三、最终采用的方案：Werner的方法 #

你提到最终采用了Werner的方案，运行效果完美。这个方案应该是在LaTeX层面直接解决了figure的跳转定位问题，不需要额外的R解析步骤，是更简洁的原生解决方案。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Frank Harrell