awk输出异常排查：输入仅一次的最后一行重复出现

咱们一步步拆解问题，找到重复行的原因并解决：

你的awk命令逻辑是遍历file2的每一行，每次从file1读取一行并拼接打印，这会带来两个关键问题：

1. 只有file1的前N行（N等于file2的行数）会被处理；
2. 如果file2的行数比file1多，当file1被读完后，getline会持续返回0，此时变量f1会固定为file1最后一行的内容（也就是你看到的“No Additional CNV Detected”），然后重复打印这一行直到file2处理完毕——这就是重复行的直接诱因。

根据你的需求（把file2的指定字段追加到file1每一行末尾），正确的做法是先把file2的目标字段预读到变量中，再遍历file1的每一行进行拼接，而不是交叉读取两个文件。

正确的awk命令实现 #

场景1：仅追加file2的数据行字段（推荐） #

如果只需要file2里的数值数据（第二行的2353、1、99.9575）追加到file1每一行后面：

BEGIN {
    # 读取file2，提取第二行的三个字段存入变量
    while (getline < "file2") {
        if (NR == 2) {
            total_targets = $1
            low_cov_targets = $2
            high_cov_pct = $3
        }
    }
    close("file2")  # 关闭文件，避免资源泄漏
}
# 遍历file1的每一行，拼接变量后输出
{ print $0, total_targets, low_cov_targets, high_cov_pct }
OFS="\t"

把上述代码保存为script.awk，执行命令：

awk -f script.awk file1 > out

或者写成单行命令更便捷：

awk 'BEGIN{while(getline <"file2"){if(NR==2){t1=$1;t2=$2;t3=$3}};close("file2")} {print $0,t1,t2,t3}' OFS="\t" file1 > out

场景2：需要追加file2的完整内容到file1末尾 #

如果你的需求是把file2的所有内容（表头+数据）直接追加到file1最后一行之后，不需要和file1每行拼接，直接用cat更简单高效：

cat file1 file2 > out

关于END块的疑问 #

你不需要添加END块，因为END块是在所有输入处理完成后执行的收尾操作，你的需求不需要在最后执行额外逻辑。问题的核心是调整文件读取的顺序和逻辑，而非依赖END块。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者justaguy