使用hist2d不等分bins时调用savefig出现报错求助

我碰到过类似的问题，这其实是Matplotlib旧版本的一个已知bug——当你使用不等宽的自定义bins绘制hist2d时，生成的QuadMesh对象的_extent属性没有被正确初始化，导致调用savefig（尤其是带bbox_inches='tight'参数时）触发了TypeError。

问题根源 #

你用的Matplotlib版本（从报错路径看是基于Python3.5的Anaconda包，对应Matplotlib应该是2.x系列）在处理不等宽bins的hist2d时，没有正确计算并设置网格的范围属性，当savefig尝试获取元素的窗口范围时，_extent是None，就抛出了迭代空对象的错误。

解决方法 #

方法1：手动设置QuadMesh的_extent属性

在调用savefig之前，手动给生成的QuadMesh对象指定_extent值，这个值就是你的x和y bins的最小、最大值：

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

fig1, ax1 = plt.subplots(figsize=(8,5))
x = np.random.randn(100000)
y = np.random.randn(100000)+5
# 定义不等分bins
x_bins = [0,1,2,3]
y_bins = [2,3,5,6]
h = ax1.hist2d(x, y, bins=(x_bins, y_bins))
# 获取QuadMesh对象
mesh = h[3]
# 手动设置_extent：[xmin, xmax, ymin, ymax]
mesh._extent = [x_bins[0], x_bins[-1], y_bins[0], y_bins[-1]]

fig1.savefig('test2.pdf', bbox_inches='tight')
plt.close()

方法2：升级Matplotlib到最新稳定版

这个bug在Matplotlib 3.0及以后的版本中已经被修复了。如果你能升级你的Matplotlib环境，直接执行：

pip install --upgrade matplotlib

升级后再运行你的原代码就不会报错了。

方法3：用pcolormesh替代hist2d绘制二维直方图

如果暂时无法升级版本，也可以用numpy.histogram2d先计算直方图数据，再用pcolormesh绘制，这样可以避开这个bug：

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

fig1, ax1 = plt.subplots(figsize=(8,5))
x = np.random.randn(100000)
y = np.random.randn(100000)+5
x_bins = [0,1,2,3]
y_bins = [2,3,5,6]

# 先计算直方图数据
counts, x_edges, y_edges = np.histogram2d(x, y, bins=(x_bins, y_bins))
# 用pcolormesh绘制
mesh = ax1.pcolormesh(x_edges, y_edges, counts.T)
# 添加颜色条
fig1.colorbar(mesh)

fig1.savefig('test2.pdf', bbox_inches='tight')
plt.close()

注意这里counts需要转置（.T），因为pcolormesh的维度顺序和histogram2d输出的一致。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Phil