在R中绘制共现邻接矩阵热图时忽略低于阈值的值

我有一个共现邻接矩阵（netm），其中大部分值为0。目前使用以下代码绘制热图：

require(gplots)
heatmap.2(netm,col=c("gold", "dark orange","orange","yellow"), Rowv=F, Colv=F, dendrogram="none", scale="none", trace="none")

我不想在热图中绘制共现矩阵中低于3的值，请问该怎么操作？

我的共现矩阵数据快照：

bacardi breezer aldi rum white coconut
bacardi      0       2     0    1     0       0
breezer      2       0     0    0     0       0
aldi         0       0     0    1     1       0
rum          1       0     1    0     1       1
white        0       0     1    1     0       0
coconut      0       0     0    1     0       0
drinks       0       0     0    1     0       1
daniel       0       0     0    1     0       0

嗨，这个需求很好实现！核心思路是把矩阵中低于阈值（这里是3）的值替换成NA，因为heatmap.2会识别NA值，并且可以通过参数指定这些位置的显示颜色（比如设为和背景一致的白色，就相当于“忽略”它们了）。具体步骤如下：

1. 预处理矩阵，替换低于阈值的值为NA #

首先定义你的阈值，然后把矩阵中所有小于这个阈值的元素替换成NA（建议复制原矩阵，避免修改原始数据）：

# 设置阈值
threshold <- 3
# 复制原矩阵
netm_filtered <- netm
# 将低于阈值的值替换为NA
netm_filtered[netm_filtered < threshold] <- NA

2. 绘制处理后的热图 #

在调用heatmap.2时，使用na.color参数指定NA值对应的颜色（推荐设为白色，和背景融合，达到“不显示”的效果）：

library(gplots)

heatmap.2(netm_filtered,
          col=c("gold", "dark orange","orange","yellow"),
          Rowv=F, Colv=F, dendrogram="none",
          scale="none", trace="none",
          na.color="white") # 关键参数：设置NA的显示颜色

额外说明 #

• 如果你不想用NA，也可以把低于阈值的值设为0，但这样0会被映射到你指定的第一个颜色（gold），无法真正“忽略”，所以用NA是更直观的方案。
• 你也可以根据需求调整na.color的颜色，比如设为灰色，用来区分空白和真正的0值（不过你的矩阵里0本来就是低共现，所以白色更合适）。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者EricA