使用awk匹配两文件追加列时如何保留无匹配行？

你现在的问题是用AWK匹配两个文件时，只输出了有匹配的行，丢失了file1里没有对应记录的行对吧？其实只需要调整一下逻辑，不管有没有匹配都输出file1的行，有匹配的话就追加对应内容就行。

先看你的原始文件内容：

file1.txt

1 101 111 . BCX 123
1 298 306 . CCC 234
1 299 305 . DDD 345

file2.txt

1 101 111 BCX P1@QQQ
1 299 305 DDD P2@WWW

你的目标是：有匹配的行追加;匹配内容，无匹配的行原样输出。

你之前的命令只在k in a时才打印，所以没匹配的行就被跳过了。我们修改一下逻辑，不管有没有匹配都先打印原行，有匹配的话再追加对应的内容（注意要加上你要的分号分隔符）：

NR==FNR{ a[$1,$2,$3,$4]=$5; next }
{
    s=SUBSEP
    k=$1 s $2 s $3 s $5  # 这里要注意：file2的第4列是BCX/DDD，对应file1的第5列，所以这个键是对的
    printf "%s", $0
    if (k in a) {
        print ";" a[k]
    } else {
        print ""
    }
}

执行这个命令后，就能得到你想要的输出：

1 101 111 . BCX 123;P1@QQQ
1 298 306 . CCC 234
1 299 305 . DDD 345;P2@WWW

简单解释一下逻辑： #

• 先处理file2.txt（NR==FNR时）：把$1,$2,$3,$4作为键，$5（也就是P1@QQQ这类内容）作为值存入数组a。
• 处理file1.txt时：
  1. 先构造和file2对应的键k（用file1的$1、$2、$3、$5，因为file2的$4是基因名，对应file1的$5）
  2. 先打印file1的当前行内容（用printf "%s", $0是为了不自动换行，方便后续追加内容）
  3. 如果键k存在于数组a中，就打印分号加对应的值；否则直接打印换行，保留原行内容。

另外，你之前的命令里输出是用空格分隔，现在改成了分号，这个是按照你的期望输出调整的，要是需要其他分隔符直接修改即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者bapors