Oracle Linux下为Oncotator 1.9.5.0安装ngslib 1.1.9失败求助

我之前在Oracle Linux环境部署Oncotator的时候，刚好碰到过和你完全一样的坑——编译KentLib时因为缺失libpng的头文件导致安装失败。给你几个亲测有效的解决步骤：

• 第一步：安装系统级libpng开发依赖
  Oracle Linux属于RPM包管理体系，直接用yum安装libpng的开发包就能补上缺失的png.h：

  sudo yum install libpng-devel
  

  这个包会把png.h放到系统标准的头文件目录里，编译器就能自动找到它了。

• 第二步：处理非标准路径的情况（如果第一步没解决）
  有些Oracle Linux版本里，libpng的头文件可能在非默认路径（比如/usr/include/libpng12或者/usr/include/libpng16），这时候需要手动告诉编译器路径：

  # 先确认png.h的位置，用find命令查找：
  find /usr -name png.h
  # 根据结果设置环境变量，比如找到在/usr/include/libpng12下：
  export CFLAGS="-I/usr/include/libpng12"
  export LDFLAGS="-L/usr/lib64 -lpng"
  

  设置完之后再执行安装命令，不管是用pip还是源码编译都可以：

  pip install ngslib==1.1.9
  # 或者源码安装的话进入克隆的目录：
  cd ngslib
  python setup.py install
  

• 第三步：确保pip版本兼容Python2.7
  虽然你提到已经升级过pip，但Python2.7支持的最后一个pip版本是20.3.4，太新的pip版本反而会和Python2.7不兼容，建议重新指定版本升级：

  pip install --upgrade pip==20.3.4
  

  升级完再尝试安装ngslib，避免因为pip的兼容性问题导致的额外错误。

一般来说，第一步安装libpng-devel就能解决90%的问题，如果还不行就用第二步指定路径，再配合兼容的pip版本，应该就能顺利完成安装了。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Lot_to_learn