在R中调用bash执行SCP传输命令时如何查看、捕获输出内容

你之前尝试system("ls")能正常拿到输出，是因为这类常规命令的结果默认走标准输出流（stdout），R可以直接读取。
而SCP的文件传输列表、进度提示、交互确认信息，默认是输出到*标准错误流（stderr）*的——R原生的system()函数默认仅收集stdout的内容，完全不会捕获stderr的输出，这就是你运行SCP命令时拿不到预期结果、返回值为空的核心原因。

最简便的调整方式是在原有SCP命令的末尾加上流重定向参数2>&1，作用是把stderr的所有内容合并到stdout流里，R就能正常接收全部输出了。

代码调整示例 #

原有命令：

command_to_run <- "scp -r root@xx.xxx.xxx.xxx:~/path_to_dir/dir /Users/Me/.../target_path/"

修改为（追加重定向参数）：

command_to_run <- "scp -r root@xx.xxx.xxx.xxx:~/path_to_dir/dir /Users/Me/.../target_path/ 2>&1"

根据你的使用场景选择对应执行方式：

• 如果需要实时在R控制台查看传输的文件列表、进度：直接调用系统命令即可，所有输出会实时打印在控制台

  system(command_to_run)
  

• 如果需要把传输日志存成R变量做后续处理：给system()加上intern = TRUE参数，就能完整拿到所有输出内容

  transfer_log <- system(command_to_run, intern = TRUE)
  # 直接打印收集到的传输日志
  print(transfer_log)
  

• 加上2>&1重定向后，SCP首次连接需要确认主机指纹、输入密码的交互式提示也能正常显示，不会出现R脚本卡在无提示等待的情况
• 如果需要更详细的传输调试日志，可以在SCP命令里加上-v参数，所有详细日志也会通过重定向被正常捕获
• 如果不想手动做流重定向，也可以用R的processx包跑外部命令，它可以独立捕获stdout和stderr流的内容，不需要额外调整shell命令

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ulima2_