Ubuntu 16.04.3下pip3安装h5py时崩溃求助

这个错误是由于你的pip和setuptools版本不兼容（尤其是老版本pip在处理命名空间包时的bug）导致的，结合你Ubuntu 16.04.3 LTS + Python3.5的环境，按以下步骤修复：

步骤1：修复pip本身 #

因为当前pip3已经无法正常运行，我们用Python自带的ensurepip模块来重新安装/升级pip，适配你的Python3.5版本：

sudo python3 -m ensurepip --upgrade

这个命令会自动修复损坏的pip文件，升级到与当前Python环境兼容的版本。

步骤2：升级setuptools #

命名空间路径的问题也和setuptools版本有关，执行以下命令完成升级：

sudo pip3 install --upgrade setuptools

步骤3：安装h5py（先补全系统依赖） #

h5py需要依赖系统层面的HDF5库，先安装这个基础依赖：

sudo apt-get install libhdf5-dev

之后你可以选择安装最新兼容版本的h5py，或者指定你之前尝试的2.7.0rc2版本：

# 安装最新兼容版本
pip3 install h5py

# 或者指定目标版本
pip3 install h5py==2.7.0rc2

问题原因说明 #

你之前用pip3安装过很多包，大概率是某次安装操作意外损坏了pip/setuptools的文件，或是安装了不兼容的版本组合，触发了老版本pip的bug——旧版pip依赖的pkg_resources模块在处理_NamespacePath对象时调用了不存在的sort方法，升级pip和setuptools后就能直接修复这个问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Alexander Sickert