首先要澄清一个关键误区：Rtools并不是一个可以通过install.packages()安装的R包，它是一套用于在Windows上编译R包的工具链，所以你执行install.packages("Rtools")时收到警告是完全正常的，不需要为此困惑。

接下来看你的检测结果，其实你的Rtools已经配置成功，可以正常使用了，理由如下：

• 执行system('g++ -v')后，系统成功返回了gcc 4.9.3的详细配置信息，说明C++编译器已经可以正常调用，这是Rtools最核心的功能之一。
• 执行system('where make')后，找到了两个make.exe路径，其中C:\\Rtools\\bin\\make.exe是标准的Rtools路径，这也证明make工具已在系统PATH中可用。
• 关于你提到的PATH中没有类似示例里的gcc-4.6.3路径：这是因为不同版本的Rtools目录结构有差异，你的PATH中已经包含了C:\\Program Files\\R\\R-3.4.3\\library\\Rtools\\mingw_32\\bin，这个路径里已经包含了gcc、g++等编译工具，和示例中的路径作用是一样的，不需要额外添加。

如果想要更快捷地验证，你可以安装devtools包后执行：

devtools::find_rtools()

如果返回TRUE，就完全可以确认Rtools已经配置妥当，可以正常用于编译R包了。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ellie