嵌套裂区设计LME模型用cld生成Tukey字母分组不符预期

• 分析背景：开展嵌套裂区设计试验的线性混合效应模型分析时，使用multcomp包及cld函数运行Tukey HSD事后检验
• 异常表现：此前可正常输出结果的分析流程，近期生成的Tukey显著性字母分组不再匹配正确的分组逻辑，观测到的各组均值差异规律与字母标注的对应关系明显相悖

已完成的分析操作 #

• 编写标准误计算函数sem，通过tapply计算ft因子分组下p5指标的均值与标准误并合并输出
• 拟合随机效应结构为~1|bl/yr/cp/vr/amf的lme模型
• 基于glht结合mcp设置ft因子的Tukey多重比较、采用univariate检验方法，调用cld在0.05显著性水平、按降序规则生成字母分组，同时输出Tukey检验的完整汇总结果
• 已整理完整数据集的dput结构内容，用于排查异常结果的成因

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Mimi Seele