ggplot设置y轴下限为1时geom_bar不显示、报缺失值问题如何解决

你用的geom_bar(stat = "identity")默认以y=0作为柱子的固定基线，每根柱子从y=0向上延伸至给定的mean值。
而你之前使用的ylim()、scale_y_continuous(limits = c(1,7))属于数据过滤式的范围限制：只要图形元素的任意部分不在你设定的取值范围内，ggplot就会直接将整个元素判定为无效并删除。由于所有柱子的底部都落在y=0（远低于你设定的下限1），8根柱子全部被移除，才会出现柱子消失+Removed 8 rows containing missing values的报错。

根据你想要的两种不同效果，对应两种改法：

方案1：仅裁切显示范围，保留柱子原始长度（最常用） #

如果你只是想让y轴从1开始显示，不需要修改柱子本身的高度，只是把低于1的部分隐藏，把原来的scale_y_continuous(limits = c(1,7))替换成coord_cartesian(ylim = c(1, 7))即可。
原理是coord_cartesian()属于显示层裁剪，不会过滤原始数据，只会把超出显示范围的图形部分隐藏，不会把整根柱子删掉。

修正后的代码：

full %>%
 ggplot(aes(x = order, y = mean)) + 
 # 修正十六进制颜色缺少#的问题
 geom_bar(stat = "identity", fill = "#003900", width = 0.5, position = position_dodge()) +
 geom_errorbar(aes(ymin = mean - se, ymax = mean + se), width = .2, position = position_dodge(.9)) +
 geom_text(aes(label = round(mean, digits =1)), position = position_dodge(width=1.0), vjust = -4.0, size = 3) +
 labs(title = "Behavioral intentions in response to each message") +
 # 用coord_cartesian替代原来的范围设置
 coord_cartesian(ylim = c(1, 7)) +
 # 如需固定显示1-7的刻度可保留，不需要可删除
 scale_y_continuous(breaks = seq(1,7,1)) +
 theme(axis.text = element_text(size = 7)) + 
 xlab("Message") + 
 ylab("Behavioral intentions")

方案2：柱子整体对齐y=1基线（对应你说的柱子向下偏移1单位的效果） #

如果你需要柱子的底部刚好对齐y=1的刻度位置，也就是柱子高度对应mean - 1，可以先偏移y轴的映射值，再调整刻度标签对应回原始数值。

修正后的代码：

full %>%
 # 所有和y相关的映射提前计算偏移量
 ggplot(aes(x = order, y = mean - 1)) + 
 geom_bar(stat = "identity", fill = "#003900", width = 0.5, position = position_dodge()) +
 # 误差棒上下限同步减1
 geom_errorbar(aes(ymin = (mean - se) - 1, ymax = (mean + se) - 1), width = .2, position = position_dodge(.9)) +
 # 文本标签仍显示原始mean值
 geom_text(aes(label = round(mean, digits =1)), position = position_dodge(width=1.0), vjust = -4.0, size = 3) +
 labs(title = "Behavioral intentions in response to each message") +
 scale_y_continuous(
  limits = c(0, 6),
  # 刻度位置对应偏移后的数值，标签对应原始读数
  breaks = 0:6,
  labels = 1:7
 ) +
 theme(axis.text = element_text(size = 7)) + 
 xlab("Message") + 
 ylab("Behavioral intentions")

你之前代码里的fill = "003900"缺少十六进制颜色的前缀#，运行时要么会报错要么显示为默认颜色，需要补上。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者melbez