在R Markdown编织时调用其他.Rmd文件的数据与函数的方法

这问题我之前帮好几个开发者解决过，核心原因其实很简单——RStudio里运行代码是复用当前会话的环境，但编织Rmd的时候会启动一个全新的R会话，之前运行的01和02里的数据、函数根本不会自动带过来！给你几个靠谱的解决办法：

方法1：把依赖文件转成R脚本并调用 #

这是最直接的方案，步骤如下：

• 先把你的01和02 Rmd文件里的可执行代码提取成纯R脚本。你可以手动复制粘贴，或者用knitr的工具一键生成：

  # 在RStudio控制台运行这两行，生成对应的R脚本
  knitr::purl("01_Import_and_clenase.Rmd", output = "01_Import_and_clenase.R")
  knitr::purl("02_Functions.Rmd", output = "02_Functions.R")
  

• 然后在03_Test_of_Assumptions.Rmd的开头（建议放在setup代码块里）添加：

  ```{r setup, include=FALSE}
  # 确保三个文件在同一文件夹下，直接用文件名即可；如果路径不同，写完整相对路径
  source("01_Import_and_clenase.R")
  source("02_Functions.R")
  

  这样编织03的时候，就会先运行这两个脚本，把数据和函数全部加载到新会话里。
  
  

方法2：直接读取其他Rmd的代码块（无需转脚本） #

如果你不想额外生成R脚本，可以用knitr::read_chunk()直接读取其他Rmd里的代码：

• 在03_Test_of_Assumptions.Rmd的setup代码块里添加：

  ```{r setup, include=FALSE}
  knitr::read_chunk("01_Import_and_clenase.Rmd")
  knitr::read_chunk("02_Functions.Rmd")
  

• 接着给01和02里需要执行的代码块加上标签，比如在01的代码块开头加一行注释# ---- load_clean_data，在02的代码块开头加# ---- define_custom_functions；
• 最后在03里调用这些标签的代码块：

  ```{r load_clean_data, echo=FALSE}
  

  这样就会精准执行对应代码块，加载你需要的数据和函数。
  
  

额外注意：统一工作目录避免路径坑 #

有时候明明路径写对了但还是找不到文件，是因为编织时的默认工作目录和你手动运行时不一样。建议：

1. 用RStudio项目（.Rproj）管理你的整个项目，打开项目后工作目录始终是项目根目录；
2. 或者在03的setup代码块里强制设置根目录：

   ```{r setup, include=FALSE}
   # 先安装rprojroot包：install.packages("rprojroot")
   knitr::opts_knit$set(root.dir = rprojroot::find_rstudio_root_file())
   

   这样不管编织时默认目录是什么，都会切换到项目根目录，确保所有文件路径都能正确识别。
   
   

关键提醒：永远不要依赖RStudio的全局环境来保存数据/函数，编织Rmd是独立会话，必须显式加载所有依赖！

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Steen Harsted