求助：如何在R Markdown(.RMD)文档中实现代码语法高亮？

我来帮你搞定这个代码高亮的问题！看了你的代码片段，问题主要出在代码块没有指定语言类型，另外我们再确认一下配置细节：

核心解决方案：为代码块指定语言 #

你现在的代码块只用纯三个反引号包裹，渲染器没法识别这是R代码，自然没法应用高亮规则。只需要在反引号后面加上r，明确告诉渲染器这是R代码即可：

library(rmarkdown) #used for syntax highlighting in this document
library(shiny)

#read in file of item ids from website and parse
url = "http://eve-files.com/chribba/typeid.txt"
df = read_fwf(url, fwf_empty(url), skip = 2)
colnames = read_table(url, n_max = 1)
names(df) = names(colnames)

确认输出配置的正确性 #

你的YAML头部配置其实是没问题的，highlight: github是prettydoc::html_pretty支持的高亮风格之一，其他可选值还有tango、pygments、kate等，后续想换风格直接修改这个参数就行。

完整可测试的示例 #

为了确保没问题，你可以试试这个最小可运行的.Rmd文件：

---
title: Eve Historical Market Analysis
author: 
date: 12/3/18
output:
  prettydoc::html_pretty:
    theme: cayman
    highlight: github
---

这是测试文本，下面是高亮的R代码：

```r
library(rmarkdown)
library(shiny)

# 测试代码
x <- 1:10
plot(x, x^2)

渲染这个文件后，代码块应该就能正常显示github风格的语法高亮了。

## 为什么之前没生效？
R Markdown的语法高亮依赖代码块的语言标识，当你不指定语言时，渲染器会默认把内容当成纯文本处理，自然不会有高亮效果。加上`r`标识后，渲染器会调用对应的R语法解析规则，应用你指定的高亮风格。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Rilcon42