R语言一行无循环代码统计数据框多列字母出现频率

这行无循环的R代码（基于Base R，无需额外加载包）就能直接生成你要的碱基计数结果，自动忽略NA值：

data.frame(base = c("A", "C", "G", "T"), t(sapply(dfnew, function(col) table(factor(col, levels = c("A", "C", "G", "T")), useNA = "no"))))

如果平时习惯用tidyverse工具链，也可以用这一行代码：

library(tidyverse)
dfnew %>% pivot_longer(everything()) %>% drop_na(value) %>% count(name, value) %>% pivot_wider(names_from = name, values_from = n, values_fill = 0) %>% rename(base = value) %>% select(base, C1:C6)

简单解释下逻辑：

• Base R版本：通过sapply遍历每一列，把列内元素转为指定水平的因子（保证A/C/G/T四个类别都被统计），用table计数时排除NA，最后转置结果并和碱基名称组合成数据框。
• Tidyverse版本：先将宽格式数据转为长格式，过滤掉NA，按列名和碱基分组统计数量，再转回宽格式并填充缺失的计数为0，最后调整列名和顺序得到目标格式。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Tanmay