Python2环境Jupyter中用rpy2调用R的image.plot函数报错求助

你碰到的这个错误，核心原因是image.plot并不是R基础包的函数，它属于fields这个扩展包，而且在rpy2里直接用r.image.plot的调用方式也不对——因为你还没加载对应的R包，r对象里根本找不到这个函数。下面是一步步的解决办法：

1. 确保R中安装了fields包 #

首先得确认你的R环境里已经装了fields包，如果没装，用rpy2就能直接安装：

# 导入R的utils包来安装扩展包
utils = importr('utils')
# 指定CRAN镜像安装fields，避免找不到源的问题
utils.install_packages('fields', repos='http://cran.r-project.org')

如果你的R3.3.3版本太旧，最新的fields包可能不兼容，可以指定一个适配旧版本的包版本，比如：

utils.install_packages('fields', version='9.0', repos='http://cran.r-project.org')

2. 导入fields包并正确引用函数 #

在rpy2里，导入R包后，要把函数名里的点换成下划线（因为Python不允许函数名带点），所以image.plot要写成image_plot：

# 导入fields包
fields = importr('fields')

3. 把numpy数组转换成R可识别的对象 #

rpy2不能直接用numpy数组给R函数传参，得先转成R的向量和矩阵：

# 转换一维numpy数组为R的浮点向量
r_a = FloatVector(a)
r_b = FloatVector(b)
# 把二维numpy数组展平后转成R的矩阵，指定行列数
r_c = robjects.r['matrix'](FloatVector(c.flatten()), nrow=2, ncol=2)

4. 调用image_plot函数 #

现在就可以正常调用函数绘制热力图了：

fields.image_plot(r_a, r_b, r_c)

额外注意事项 #

• 你的rpy2版本是2.5.6，属于比较旧的版本，记得不要用新版本rpy2的语法（比如r['image.plot']()这种写法在旧版本里可能有问题），用上面的方式更稳妥。
• 如果运行时还是有警告，可以暂时关闭rpy2的警告：

warnings.filterwarnings("ignore", category=RRuntimeWarning)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user217285