ggplot中如何叠加geom_rect与geom_boxplot使矩形位于箱线图后方

问题核心成因 #

ggplot的图层渲染顺序完全按照代码中geom_*对象的书写顺序执行：先编写的内容会被绘制在最底层，后编写的内容会逐次叠加在更上层。你目前将geom_rect写在散点、箱线图、参考线的代码后方，自然就会浮在所有元素上方，无法藏在背景层。

具体调整方案 #

• 将geom_rect的代码块移动到所有其他几何图层的最起始位置，保证它最先被渲染，落在最底层
• 修正geom_rect的x轴范围参数：原代码设置的xmin=0无法覆盖分类x轴的全幅范围，替换为xmin = -Inf, xmax = Inf即可让灰色块铺满整个绘图区宽度
• 调整灰色块的透明度参数：原设置的alpha=0.01透明度过高，灰色几乎完全不可见，调整为0.2-0.3的区间，既能清晰显示灰色范围，又不会遮挡上层的实验数据元素

调整后可直接运行的完整代码 #

ggplot(data, aes(x = reorder(genotype, -Shann.div, FUN = median), y = Shann.div)) + 
  # 最底层：灰色均值±标准差范围块
  geom_rect(aes(xmin = -Inf, xmax = Inf, ymin = avg - SD, ymax = avg + SD), 
            fill = "grey", alpha = 0.2) +
  # 上层依次叠加散点、箱线图、参考线
  geom_jitter(color="black", size=0.3, alpha=0.9) + 
  geom_boxplot(outlier.shape = NA, coef = 0) + 
  geom_hline(yintercept = avg, color="red") + 
  # 如需启用虚线置信区间可取消以下两行注释
  # geom_hline(yintercept = (avg + 2 * SE), linetype='dashed', color="black") + 
  # geom_hline(yintercept = (avg - 2 * SE), linetype='dashed', color="black") +
  theme(panel.background = element_blank()) + 
  theme(axis.text.x=element_blank(), axis.ticks.x=element_blank()) +
  ggtitle('Microbial UTO - Shannon diversity median') + 
  xlab('genotype')

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ziv