使用Snakemake提交SLURM集群作业时如何配置带横杠的参数？

• 语法报错的直接根因：resources块默认使用关键字参数语法时，键必须是合法Python标识符，不能包含横杠-。你原本写的ntasks-per-node=1中，横杠会被Python解析为减法运算符，整段内容会被识别为「变量ntasks 减 变量per 减 变量node 等于1」的非法表达式，因此抛出keyword can't be an expression的语法错误。
• 替换为下划线后不生效的原因：你使用的SLURM作业提交profile的默认资源映射规则中，没有将ntasks_per_node这个资源名关联到SLURM的--ntasks-per-node提交参数，因此作业提交时不会自动附带该配置，自然无法生效。

适配旧版独立SLURM提交profile #

无需依赖profile的映射规则，直接在resources块中使用带引号的字典语法写入原始SLURM参数名，通过双星号解包传入：

rule rule_name:
    ...
    resources:
        **{
            "time": "00:00:30",
            "ntasks-per-node": 1
        }
    ...

这个写法的原理是绕开关键字参数的语法限制，将带横杠的原始参数名作为字符串键传入，profile在生成SBATCH脚本时，会自动将所有自定义资源键值对拼接为#SBATCH --<键名>=<值>的格式，最终会正确生成要求的#SBATCH --ntasks-per-node=1配置行。

适配Snakemake 7.0+内置原生Slurm执行器 #

如果使用Snakemake自带的原生Slurm执行器，直接使用下划线命名的合法资源名即可，原生执行器已经内置了ntasks_per_node到--ntasks-per-node的自动映射，不需要额外特殊处理：

rule rule_name:
    ...
    resources:
        time='00:00:30', # 30 sec
        ntasks_per_node=1
    ...

• 不要尝试直接在关键字参数位置给带横杠的键加引号，Python语法不允许关键字参数的键是字符串表达式，必须通过字典解包的方式传入非标准键名。
• 也可以通过修改SLURM profile的全局配置，添加自定义资源映射规则，将ntasks_per_node直接关联到--ntasks-per-node参数，后续就可以直接用下划线命名的写法，不需要每次写字典解包。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user2966505