解决LSF作业完成日志中date命令提前执行的问题

这个问题我太熟悉了——你碰到的核心问题是heredoc的内容被当前shell提前解析了！当你用不带引号的EOF作为heredoc结束标记时，bash会自动对里面的命令替换（比如`date`）、变量展开做处理，所以第二个作业里的date命令在你提交这个等待作业的时候就已经执行了，自然会和提交时间完全一致。

最简单的解决方案：转义命令替换的标记 #

只需要把heredoc里的date命令替换的反引号（或者$()）转义，让当前shell把它当作普通字符串传递给LSF作业，等作业真正运行时再执行date命令。修改你的my_script.sh中第二个bsub的部分：

# 记录作业完成信息...
bsub -w "ended($JOB_ID)" << EOF
#!/bin/bash
#BSUB -q my_queue
#BSUB -W 00:30
# 转义date的命令替换标记，避免当前shell提前执行
echo "\`date +%Y-%m-%d %T\` completed '$BSUB_SCRIPT' [$JOB_ID]" >> $HOME/my_logfile.txt
EOF

或者你也可以用可读性更好的$()形式，同样转义：

echo "\$(date +%Y-%m-%d %T) completed '$BSUB_SCRIPT' [$JOB_ID]" >> $HOME/my_logfile.txt

原理说明 #

• 不加转义时，当前shell看到`date...`会立刻执行date命令，把结果替换进去再提交给LSF；
• 加上反斜杠转义后（\`date...\`），当前shell会保留反引号的原样，把这段代码原封不动地传给LSF的等待作业；
• 当原作业完成后，等待作业启动，它的shell会解析这段代码，执行date命令，得到真正的完成时间。

修改后你的日志就会显示正确的提交时间和完成时间了，比如：

2018-01-30 13:15:14 submitted 'my_job.bsub' [1234567]
2018-01-30 13:16:14 completed 'my_job.bsub' [1234567]

内容的提问来源于stack exchange，提问作者trubliphone