升级至R 3.4.3后无法安装devtools，digest依赖下载失败求助

针对你在Mac 10.12.6（Sierra）使用R 3.4.3时无法安装devtools的问题，核心原因是digest包的CRAN镜像链接失效（旧版本包在当前镜像已被移除），以及BiocInstaller依赖无法获取的问题，下面是具体的解决步骤：

1. 手动安装digest的兼容版本 #

CRAN当前镜像已经没有digest_0.6.15的二进制包了，你可以通过两种方式安装：

• 源码安装：先确保你的Mac已安装Xcode命令行工具（终端执行xcode-select --install完成安装），然后从CRAN归档获取源码包安装：

  install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/digest/digest_0.6.15.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
  

• 本地二进制安装：如果源码编译有困难，你可以到CRAN归档页面找到适配R 3.4的Mac二进制包（digest_0.6.15.tgz），下载到本地后执行：

  # 替换为你实际的下载路径，比如~/Downloads
  install.packages("~/Downloads/digest_0.6.15.tgz", repos = NULL, type = "binary")
  

2. 解决BiocInstaller依赖缺失 #

BiocInstaller属于Bioconductor工具包，针对R 3.4.x版本，需要使用适配的Bioconductor仓库来安装：

# 加载Bioconductor旧版本的安装脚本
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
# 安装BiocInstaller
biocLite("BiocInstaller")

3. 重新安装devtools #

在搞定上述两个依赖后，再次尝试安装devtools：

install.packages("devtools", dependencies = TRUE)

额外排查建议 #

如果还是遇到问题，可以试试这些操作：

• 更换CRAN镜像为国内镜像，避免同步延迟导致的包找不到问题：

  options(repos = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
  

• 彻底清理旧的包残留：在R中执行.libPaths()查看包安装路径，手动删除devtools、digest的旧文件夹后再重新安装。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者mundos