如何在R中复现指定论文Figure 2A样式科研绘图并明确该类图通用名称

这类图是生物医学组学研究领域的标准可视化类型，通用专业名称为叠加抖动散点的分组基因表达箱线图（配套组间差异显著性标记），核心功能是展示单个靶标分子的表达量在不同实验分组、样本类别间的分布特征，是论文中验证单基因差异表达结论的常规呈现形式。

无需依赖Matlab，通过开源免费的R包即可实现和原图表完全一致的视觉效果，无授权成本、学习门槛远低于Matlab，核心操作步骤如下：

• 前置依赖准备：提前从CRAN安装所需开源包，包括核心绘图包ggplot2、显著性标注包ggsignif、数据整理包dplyr，所有包无使用版权限制
• 图层搭建逻辑（匹配原Matlab图的视觉层次）：
  • 初始化绘图时先固定坐标映射：x轴为分类变量（对应不同实验组别），y轴为连续变量（对应靶标基因的标准化表达量），提前调整x轴的分组顺序，保证和目标图完全对齐，避免分类顺序错位
  • 最底层绘制样本散点：使用geom_jitter()生成带随机横向抖动的实心散点，调整点的尺寸、不透明度、抖动幅度，还原目标图中每个组别下所有样本的表达量分布效果
  • 中间层绘制统计标识：如果目标图是简化的无填充箱体（仅展示均值、误差棒、中位数线），可跳过默认完整箱线的冗余绘制，直接通过stat_summary()自定义计算并展示组别均值、均值±标准误的误差棒，匹配Matlab生成的简化图形风格
  • 最上层添加显著性标记：使用geom_signif()指定需要对比的组别对，自动完成组间差异的统计检验，按照目标图的标注规则（星号等级、横线位置、文字大小）设置参数，完全匹配原图的显著性标识样式
• 排版细节校准：
  • 调用theme_classic()移除ggplot默认的灰色背景、网格线，仅保留x、y轴的黑色实线边框，还原Matlab图的简洁排版风格
  • 手动调整x轴组间间距、y轴刻度范围、坐标轴文字字号，让整体图形比例和参考图一致
  • 通过scale_fill_manual()手动指定每个组别的配色，优先选用低饱和的区分色，避免默认ggplot配色和原图出现明显色差
• 效率优化技巧：排版调试阶段可先模拟和参考图分布趋势一致的虚拟数据，反复调整图层、间距、标记位置，等所有视觉参数完全匹配目标效果后，再替换为真实实验数据，减少反复调整真实数据的时间消耗

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Walker