SciPy Kabsch算法align_vectors调用时出现spatial模块报错

• SciPy的子模块加载机制限制：SciPy主包不会自动将所有层级的子模块加载到顶层命名空间，仅执行import scipy as sc语句时，spatial这类二级子模块不会被自动引入，直接访问对应属性必然触发AttributeError。哪怕安装的SciPy版本完全满足功能要求，也需要显式导入对应子模块才能正常调用其下的API。
• 运行环境版本不兼容：scipy.spatial.transform.Rotation类下的align_vectors接口从SciPy 1.6.0版本才正式上线，该版本的SciPy要求最低Python 3.7运行环境。你当前使用的Python 3.5解释器，可兼容安装的最高版本SciPy为1.5.4，不存在该对齐接口，就算修正导入语法也无法调用对应功能。
• 复现代码存在笔误：你在交互式终端中导入时给scipy设置的别名为sc，后续访问spatial模块时错写为sci.spatial，变量名拼写不匹配也会触发同类属性报错。

方案1：适配现有Python 3.5环境的替代实现 #

如果不想更换当前解释器版本，不需要强行升级SciPy适配版本要求，可直接基于低版本SciPy支持的数值计算能力（矩阵运算、SVD分解接口）手动实现Kabsch算法的核心逻辑，仅需几十行代码即可复现align_vectors的最小二乘向量对齐效果。
后续如需访问spatial模块下的其他功能，必须显式执行子模块导入，例如写import scipy.spatial，不能依赖顶层scipy包自动加载深层模块。

方案2：升级环境以直接使用官方对齐接口 #

• 将当前Python解释器从3.5版本升级到3.7及以上，替换/opt/local/bin路径下的旧解释器。
• 在新环境中安装1.6.0及以上版本的SciPy，调用时按照完整导入链路引入需要的类，不要将导入简化到顶层SciPy包，正确写法示例：

  from scipy.spatial.transform import Rotation
  # 传入对应源向量、目标向量参数即可调用align_vectors方法
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者antzcrashing