OSX Mojave下R加载依赖mgcv的包报_libintl_dgettext符号缺失错误

在Mac OS X 10.14.6（Mojave）系统上运行R时，所有依赖mgcv的R包均会触发动态库加载失败故障，复现代码与对应报错如下：

library(Seurat)
Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/Users/akh/Documents/R_lib_4/mgcv/libs/mgcv.so':
  dlopen(/Users/akh/Documents/R_lib_4/mgcv/libs/mgcv.so, 6): Symbol not found: _libintl_dgettext
  Referenced from: /Users/akh/Documents/R_lib_4/mgcv/libs/mgcv.so
  Expected in: /usr/local/Cellar/r/4.0.4_1/lib/R/lib/libR.dylib
 in /Users/akh/Documents/R_lib_4/mgcv/libs/mgcv.so

• 当前R运行版本为4.0.4 (2021-02-15) "Lost Library Book"，运行平台为x86_64-apple-darwin18.7.0 (64位)
• 已通过Homebrew安装0.21稳定版gettext，对应动态库libintl.8.dylib位于/usr/local/Cellar/gettext/0.21/lib路径下，执行brew info gettext的输出详情为：

brew info gettext
gettext: stable 0.21 (bottled)
GNU internationalization (i18n) and localization (l10n) library
https://www.gnu.org/software/gettext/
/usr/local/Cellar/gettext/0.21 (1,959 files, 19MB) *
  Poured from bottle on 2021-03-18 at 12:03:19
From: https://github.com/Homebrew/homebrew-core/blob/HEAD/Formula/gettext.rb
License: GPL-3.0-or-later

mgcv包编译阶段完成了与Homebrew安装的gettext库的动态链接，但R运行时的动态库搜索路径未包含gettext的库目录。加载mgcv.so时，系统无法定位到_libintl_dgettext符号的所属库，会顺着默认加载顺序在已加载的libR.dylib中查找该符号，因libR中无对应符号定义，最终触发加载失败。

• 临时快速验证方案：加载目标包前手动指定gettext库路径，即可完成正常加载，适合临时排查使用：

  Sys.setenv(DYLD_LIBRARY_PATH = "/usr/local/Cellar/gettext/0.21/lib:$DYLD_LIBRARY_PATH")
  library(Seurat)
  

• 永久生效方案：将动态库路径配置写入R的启动配置文件，重启R后自动加载配置，无需每次手动执行。打开用户目录下的.Rprofile文件（不存在则新建），添加以下内容：

  # 解决gettext动态库缺失导致的mgcv包加载报错
  Sys.setenv(DYLD_LIBRARY_PATH = paste0("/usr/local/Cellar/gettext/0.21/lib:", Sys.getenv("DYLD_LIBRARY_PATH")))
  

• 长期稳定方案：卸载现有mgcv包，从源码重新编译安装，编译时显式指定gettext库路径，从根源上解决动态链接路径依赖问题：

  remove.packages("mgcv")
  install.packages("mgcv", configure.args = "--with-gettext=/usr/local/Cellar/gettext/0.21")
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者akh22