在ggplot中能否独立按类别给点着色、按高度给等高线着色？

这个报错我太熟了！本质是你在同一个color美学属性里同时混用了离散分类值（点的cat）和连续数值（等高线的..level..），ggplot2默认一个美学只能绑定一种尺度（要么离散要么连续），冲突就炸了。下面给你两种靠谱的解决办法：

方法一：用ggnewscale包添加独立颜色尺度 #

这个包专门解决同图多尺度的问题，能给不同图层单独设置颜色尺度：

n <- 10
x <- c(rnorm(n,-1,0.5), rnorm(n,1,0.5))
y <- c(rnorm(n,-1,1), rnorm(n,1,0.5))
df <- data.frame(x,y)
# 修正：df有20行，用nrow(df)保证所有点都有分类值
df$cat <- sample(c(1,2), nrow(df), replace=T) 
library(ggplot2)
library(ggnewscale) # 先安装包：install.packages("ggnewscale")

p <- ggplot(df) +
  # 先画点，设置离散颜色尺度
  geom_point(aes(x=x, y=y, color=factor(cat))) +
  scale_color_manual(values = c("1"="red", "2"="blue"), name = "类别") +
  # 启动新的颜色尺度，和之前的颜色映射彻底独立
  new_scale_color() +
  # 再画等高线，用连续颜色尺度
  geom_density2d(aes(x=x, y=y, color=..level..)) +
  scale_color_viridis_c(name = "等高线层级")

print(p)

方法二：将点的颜色映射到fill属性 #

如果不想装新包，可以用带填充的点形状（比如shape=21到25），把点的分类映射到fill，等高线用color，这样两个美学属性互不干扰：

n <- 10
x <- c(rnorm(n,-1,0.5), rnorm(n,1,0.5))
y <- c(rnorm(n,-1,1), rnorm(n,1,0.5))
df <- data.frame(x,y)
df$cat <- sample(c(1,2), nrow(df), replace=T)
library(ggplot2)

p <- ggplot(df) +
  # 用带填充的点，fill映射分类，color可设置点边框颜色（可选）
  geom_point(aes(x=x, y=y, fill=factor(cat)), shape=21, size=3, color="black") +
  scale_fill_manual(values = c("1"="red", "2"="blue"), name = "类别") +
  # 等高线用color映射层级
  geom_density2d(aes(x=x, y=y, color=..level..)) +
  scale_color_viridis_c(name = "等高线层级")

print(p)

另外提个小细节：原代码里df$cat <- sample(c(1,2), n, replace=T)的n是10，但df实际有20行（两组rnorm的结果），改成nrow(df)才能保证所有点都有分类值，不然后10行点会因为cat为NA显示默认灰色~

内容的提问来源于stack exchange，提问作者PM.