R Markdown为何会执行HTML注释内的R代码块？这是预期行为吗？

这个行为是R Markdown的预期设计表现，核心是两个渲染环节的处理顺序错位导致的，和HTML注释的屏蔽逻辑没关系。

R Markdown的渲染流程有严格的先后执行顺序：

• 第一步先由knitr工具逐行扫描整个Rmd文档的原始文本，只要识别到符合三反引号开头、带{r}标记的代码块，就会立刻按照块内的配置执行对应的R代码，把原始代码块替换成执行后的结果。这个阶段的扫描逻辑完全不识别<!-- -->这类HTML注释语法——因为HTML注释是下游pandoc组件才会处理的规则。
• 等knitr把所有能识别到的代码块全部执行、替换完成后，才会把处理完的纯Markdown文本整体交给pandoc，由pandoc完成最终的格式转换：包括渲染成HTML结构、识别HTML注释、把注释包裹的内容从最终可见的输出中剔除。

你用<!-- -->包裹代码块的操作，本质是告诉下游的pandoc“这段内容生成最终页面的时候别展示给用户”，但根本拦不住上游的knitr在更早的扫描阶段，就把被注释包住的代码块识别为需要执行的代码段。当knitr执行到z+3这行代码时，因为当前运行环境里没有定义名为z的对象，自然就会抛出你看到的报错，哪怕后续pandoc会把这段代码和执行输出全部藏进HTML注释里，执行阶段的报错也已经被触发了。

调试过程中如果要临时跳过某段代码的执行，不要靠HTML注释做屏蔽，直接用knitr原生的代码块配置就能实现：

• 给需要暂时禁用的代码块加上eval = FALSE选项，knitr会直接跳过块内所有代码的执行，不会触发任何运行报错。比如把出错的代码块改成：
  {r missing variable, echo = F, eval = F} 包裹的z+3代码段，就不会触发执行
• 如果需要让knitr完全识别不到某段代码，只要把代码块起始标记后的{r}做简单修改（比如把花括号换成普通文本字符），knitr扫描时就不会把这段内容判定为可执行代码块。
• 不推荐直接用HTML注释包裹代码块的写法，这种写法完全达不到屏蔽代码执行的效果，反而会在调试过程中触发无意义的报错。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user1700890