使用ezANOVA开展重复测量ANOVA时wid参数配置与被试编号列设置问题

你必须手动创建唯一的被试编号列，不存在其他替代方案。不管是用ezANOVA还是lme做被试内设计的分析，没有清晰的被试标识，函数根本无法拆分同一个被试多次测量带来的关联，所有计算结果都是错的。

现有代码的典型错误 #

• 把被试内自变量写到了ezANOVA的between参数下：between仅用于填充组间设计的自变量，你的两个IV都是被试内测量，应该放到within参数中。
• 调用ezANOVA时所有参数都直接传数据框的列名即可，不需要加df$前缀，否则会触发识别异常。
• 你写的lme随机项逻辑完全错误：模型没有正确对应被试内的嵌套测量结构，也漏了两个IV的交互项。

被试ID列的创建方法 #

首先确认你的数据格式：如果是长格式重复测量数据（每一行对应该被试在某一个IV水平组合下的一次DV测量），按每个被试的测量次数直接切分行生成ID即可。
比如两个IV都是1-7分，单被试总共有7*7=49行测量，生成ID的代码为：

# 计算单被试测量行数，按行切割生成连续被试编号
n_trials_per_sub <- length(unique(df$scoreIV1)) * length(unique(df$scoreIV2))
df$subject_id <- rep(1:(nrow(df)/n_trials_per_sub), each = n_trials_per_sub)
# 后续分析前把ID转成因子类型
df$subject_id <- as.factor(df$subject_id)

如果你的数据是宽格式（同一个被试的所有测量都存在同一行，每个列对应一个条件下的DV得分），可以先把数据转成长格式再生成ID，直接用原表的行号当唯一被试值即可。

修正后的可运行代码 #

修正版ezANOVA代码 #

library(ez)
# 把两个被试内IV也转成因子类型（做传统分类ANOVA需要）
df$scoreIV1 <- as.factor(df$scoreIV1)
df$scoreIV2 <- as.factor(df$scoreIV2)

ezANOVA(data = df,
        wid = subject_id, # 直接填生成的ID列名
        dv = scoredv,
        within = .(scoreIV1, scoreIV2), # 被试内因素放在这里
        type = 3) # 采用III型平方和，适配不平衡数据场景

修正版lme模型代码 #

library(nlme)
model <- lme(scoredv ~ scoreIV1 + scoreIV2 + scoreIV1:scoreIV2,
             random = ~1 | subject_id/scoreIV1/scoreIV2, # 被试嵌套两层重复测量因素
             data = df)
summary(model)

注意事项 #

• 生成ID后必须校验对应关系：检查前几行的ID分组是否和原始数据的被试归属匹配，避免把不同被试的观测错分到同一编号下。
• 如果你的IV是1-7分的连续变量，不需要把它当分类因子处理：此时随机项只要保留被试的随机截距即可，即random = ~1|subject_id，不要把连续IV写到随机效应项中。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Peter Silie