无法编译自定义版本Caffe：HDF5静态库链接报错求助

我帮你拆解下这个编译报错的来龙去脉，以及适配你场景的解决办法：

问题场景回顾 #

你在搭建自定义版本Caffe时，执行make all -j4遇到了这个错误：

ubuntu@ip-172-31-18-244:~/caffe$ make all -j4
LD -o .build_release/lib/libcaffe.so.1.0.0-rc3
/usr/bin/ld: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/libhdf5_hl.a(H5LT.o): relocation R_X86_64_32S against `.text' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/libhdf5_hl.a: error adding symbols: Bad value
collect2: error: ld returned 1 exit status
Makefile:555: recipe for target '.build_release/lib/libcaffe.so.1.0.0-rc3' failed
make: *** [.build_release/lib/libcaffe.so.1.0.0-rc3] Error 1

你的环境是CUDA 8.0.61、cuDNN 6.21，同一仓库主分支能正常编译，且已经做了软链接、Makefile.config修改、环境变量设置这些操作。

错误核心原因 #

这个报错的本质是：链接器在生成Caffe的共享库（libcaffe.so）时，意外链接了静态版本的hdf5库（libhdf5_hl.a），但这个静态库没有用-fPIC编译。

-fPIC是生成「位置无关代码」的编译选项，共享库必须依赖这种代码才能在运行时被正确加载；而静态库如果没加这个选项，就会触发重定位错误。

为什么主分支没问题？大概率是你自定义分支的Makefile/Makefile.config里，hdf5库的链接逻辑变了——原本主分支会优先找动态库（.so文件），但自定义分支的配置让链接器先找到了静态库（.a文件）。

适配你场景的解决步骤 #

1. 强制Makefile优先链接hdf5动态库

打开你的Makefile.config，找到LIBRARIES配置段，明确添加hdf5动态库的引用（不要写静态库后缀）：

LIBRARIES += hdf5_serial hdf5_serial_hl

这样链接器会自动优先查找.so格式的动态库，而不是.a静态库。

2. 修正hdf5软链接（更稳定的写法）

你之前创建的软链接指向了具体版本号，改成通用符号链接更稳妥：

sudo rm libhdf5.so libhdf5_hl.so
sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/libhdf5_serial.so libhdf5.so
sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/libhdf5_serial_hl.so libhdf5_hl.so

3. 全局添加位置无关代码编译选项

如果上面的操作还没解决，可以在Makefile里的CXXFLAGS中强制加入-fPIC，确保所有编译的代码都是位置无关的：

CXXFLAGS += -fPIC

4. 清理缓存后重新编译

最后执行清理命令，彻底清除之前的编译残留，再重新编译：

make clean
make all -j4

内容的提问来源于stack exchange，提问作者anaik