NEURON启动报错ImportError: No module named site，求解决方法

首先，这个错误的核心是NEURON没能正确识别你的系统Python环境，自动设置的PYTHONHOME=/usr/lib不符合Debian Jessie的Python路径规范。下面给你一步步的解决方案，考虑到你不太熟悉Linux，每一步都会写得很详细：

1. 先确认系统Python的正确路径 #

打开终端，依次运行以下命令：

• 查找Python可执行文件的位置：

  which python
  

  Debian Jessie默认的Python 2.7一般会输出/usr/bin/python
• 查找site模块的位置，以此确定正确的PYTHONHOME：

  python -c "import site; print(site.__file__)"
  

  正常输出会类似/usr/lib/python2.7/site.py，这说明你的Python根目录是/usr（因为/usr/lib/python2.7是/usr的子目录）

2. 临时设置PYTHONHOME并测试 #

在终端里运行：

export PYTHONHOME=/usr

然后直接输入nrngui启动NEURON，如果这次能正常打开且Python集成可用，说明路径设置正确。

3. 永久设置PYTHONHOME（避免每次手动输入） #

临时设置仅在当前终端会话有效，我们需要把配置加到用户bash配置文件里：

• 打开终端运行：

  nano ~/.bashrc
  

  这会打开nano编辑器（Linux里简单易用的文本工具）
• 滚动到文件末尾，添加一行：

  export PYTHONHOME=/usr
  

• 按Ctrl+O（按住Ctrl再按O）保存文件，按回车确认文件名，然后按Ctrl+X退出编辑器
• 让配置立即生效：

  source ~/.bashrc
  

  之后新开的终端都会自动加载这个设置

4. 用nrnpyenv.sh辅助排查（如果上述步骤未解决） #

NEURON提供了nrnpyenv.sh脚本帮助检查Python环境配置，运行：

nrnpyenv.sh

仔细查看输出里提示的环境变量（比如PYTHONPATH），如果它提示需要设置某个路径，就把对应命令添加到~/.bashrc里。比如如果提示PYTHONPATH需要包含NEURON的Python模块目录，就添加：

export PYTHONPATH=/usr/local/nrn/lib/python:$PYTHONPATH

添加后同样要运行source ~/.bashrc让设置生效。

5. 验证NEURON的Python集成 #

启动nrngui后，点击菜单栏的Tools -> Python Console，在控制台输入：

import neuron

如果没有报错，说明Python集成已经正常工作了。

关于安装LFPy和LFPsim #

等NEURON的Python集成正常后，可以继续安装这两个工具：

1. 先安装系统依赖和Python包管理工具：

   sudo apt-get update && sudo apt-get install python-pip python-dev
   

2. 安装LFPy需要的科学计算库：

   sudo pip install numpy scipy matplotlib
   

3. 安装LFPy：

   sudo pip install LFPy
   

4. LFPsim通常需要从源码编译安装，等你搞定NEURON的问题后，可以再处理这一步，核心是确保它能找到NEURON的Python模块。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者balou