Ubuntu 20.04下安装R 4.0.5的R包时触发gcc内部编译器段错误

• 系统为Ubuntu 20.04.2 LTS，已安装R 4.0.5（2021-03-31发布版本），R本身运行状态无异常
• 异常表现：无编译依赖的R包（如R.matlab）可正常安装，涉及C源码编译的包在安装过程中触发gcc内部段错误，无法完成编译流程

典型报错日志 #

安装data.table时报错 #

* installing *source* package ‘data.table’ ...
** package ‘data.table’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
gcc -std=gnu99 9.3.0
zlib 1.2.11 is available ok
R CMD SHLIB supports OpenMP without any extra hint
** libs
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp  -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-tRgc13/r-base-4.0.5=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c assign.c -o assign.o
during GIMPLE pass: ccp
assign.c: In function ‘memrecycle’:
assign.c:1205:1: internal compiler error: Segmentation fault
 1205 | }
      | ^
Please submit a full bug report,
with preprocessed source if appropriate.
See <file:///usr/share/doc/gcc-9/README.Bugs> for instructions.
make: *** [/usr/lib/R/etc/Makeconf:172: assign.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘data.table’

安装xfun时报错（截断版本） #

gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-tRgc13/r-base-4.0.5=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c base64.c -o base64.o
during GIMPLE pass: ccp
base64.c: In function ‘base64_decode_impl’:
base64.c:237:1: internal compiler error: Segmentation fault
  237 | }
      | ^

已完成的排查操作 #

• 重装gcc-9，故障未消除
• 排查R会话中的Sys.getenv("PATH")发现原路径包含miniconda3安装目录，手动将PATH调整为/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin:/usr/lib/rstudio/bin/postback，故障未消除

1. 升级gcc-9到补丁版本（根本解决方法）
   当前Ubuntu 20.04仓库中原生的gcc-9.3.0存在已知编译缺陷：在GIMPLE优化的ccp阶段处理部分代码时会触发内存越界，导致编译器自身段错误。执行系统命令安装仓库内最新的gcc-9补丁版本即可修复该问题：

   sudo apt update
   sudo apt upgrade gcc-9 g++-9
   

   补丁版本已修复ccp pass阶段的内存访问错误，可正常完成-O2等级的代码编译。

2. 临时调整编译优化等级绕过缺陷
   如果暂时无法升级gcc版本，可修改R的编译配置，将默认的-O2优化等级调整为-O1，跳过触发bug的优化流程。在R会话中执行以下命令生成用户级的R编译配置文件，永久生效：

   # 生成配置目录（不存在则自动创建）
   config_dir <- file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R")
   dir.create(config_dir, showWarnings = FALSE, recursive = TRUE)
   config_file <- file.path(config_dir, "Makevars")
   # 写入编译参数，将-O2替换为-O1
   writeLines(
     c(
       "CFLAGS = -O1 -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2",
       "CXXFLAGS = -O1 -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2"
     ),
     con = config_file
   )
   

   配置完成后重新安装失败的R包，即可正常完成编译。

3. 彻底清理miniconda的环境残留
   手动修改PATH无法完全清除miniconda对编译流程的干扰：miniconda会向环境中注入自定义的编译参数、动态库路径变量，即使从PATH中移除conda路径，残留的环境变量仍可能影响编译流程。启动R安装包前，先在终端执行以下命令彻底清理conda相关环境：

   # 退出当前激活的conda环境
   conda deactivate
   # 清空所有conda相关的环境变量
   unset CONDA_PREFIX CONDA_DEFAULT_ENV CONDA_PYTHON_EXE CONDA_SHLVL
   # 启动R后再执行包安装操作
   R
   

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Mazin Abdelghany