R4.0.5 Ubuntu16.04下安装phylosmith出现tbb未定义符号报错求助
R包安装故障记录:phylosmith加载TBB相关未定义符号报错
运行环境
- R版本:4.0.5(2021-03-31发布,版本代号Shake and Throw)
- 运行平台:x86_64-pc-linux-gnu(64位)
- 操作系统:Ubuntu 16.04
故障现象
执行安装命令:devtools::install_github('schuyler-smith/phylosmith', lib = "/home/dunfield/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0/")
安装过程与报错情况如下:
- 源码编译全流程可正常完成
- 在安装后临时目录测试包加载环节失败
- 加载环节报错为:通过
dyn.load加载包对应的phylosmith.so共享对象时失败,提示存在未定义符号_ZN3tbb10interface58internal9task_base7destroyERNS_4taskE - 安装流程终止,自动移除本地已部署的phylosmith包文件,最终以非零退出码结束
已开展的排查操作
- 调整R库安装路径、从本地源码tar.gz包直接安装,均复现相同报错
- 确认本地GDAL版本为2.2.2,不存在多版本GDAL共存问题
- 手动将安装流程中生成的phylosmith包目录复制到R库路径下,直接执行
library(phylosmith)加载仍报相同的未定义符号错误 - 已按照依赖指南提前安装系统依赖库
libmysqlclient-dev、libgdal-dev、libudunits2-dev - 分别通过apt安装系统级
libtbb-dev库、通过devtools安装R语言TBB包,重启Linux系统与RStudio后报错仍未消除
当前问题状态
目前已定位报错来源为phylosmith.so动态库中的TBB相关未定义符号,此前查阅过同类报错的相关讨论,但对应未定义符号与本次报错不一致,不清楚该问题的具体成因与解决路径,需要获取该故障的排查思路与解决方案。
内容的提问来源于stack exchange,提问作者BeefWellington
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