bash执行VCF染色体修改命令报语法错误求助

直接触发报错的核心原因 #

本次执行抛出Syntax error with the unexpected word (的报错，最核心的问题是bash进程替换的语法写错了：

• bash中进程替换的固定语法格式为<(命令序列)，要求<和紧随的(之间不能有任何空格。原命令里写的是< (, 中间多了空格，shell会把单独的<解析为标准输入重定向符号，后续读到的(不属于合法的重定向目标，直接触发语法解析错误。

容易被忽略的隐藏错误 #

就算修正了上面的空格问题，原命令依然无法正常执行，还存在两处会导致执行失败的问题：

• 命令中多处sed替换规则的前后引号是中文全角弯引号（类似‘内容’的格式），并非bash可识别的半角ASCII单引号，会导致shell无法正确解析命令参数。
• 提取VCF头注释时用了head -50 Nipponbare_indel.vcf | grep '#'的逻辑，如果文件的注释行数超过50行，会截断丢失VCF格式必需的头部信息，最好直接通过grep '^#' 原VCF文件提取所有以#开头的注释行，稳定性更高。

修正后的可执行命令 #

cat <(grep '^#' Nipponbare_indel.vcf | sed 's/ID=\([0-9][0-9]*\)/ID=Chr\1/g' | cut -f1-8) \
    <(grep -v '^#' Nipponbare_indel.vcf | cut -f1-8 | sed 's/^\([0-9]*\)/Chr\1/g') \
    <(grep -v '^#' NB_final_snp.vcf | cut -f1-8 | sed 's/^\([0-9]*\)/Chr\1/g') \
    > Nipponbare_indel_SNP.vcf

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Stengah966