使用plot(effect())绘制预测概率图：如何自定义绘图外观？

我来帮你搞定这个plot.eff绘图的自定义需求，你之前遇到的y轴范围异常、置信区间出界的问题，主要是因为没正确启用legacy参数，加上坐标轴的设置格式不对。咱们一步步调整，完美实现你的三个需求：

第一步：保留正常的预测概率计算 #

你之前的这部分代码没问题，先保留：

prob <- effect(c("age"), M, xlevels = x.list)

第二步：调整绘图代码，实现所有自定义需求 #

核心是启用legacy=TRUE切换到基础R绘图系统（默认是lattice系统，很多自定义参数不生效），然后结合基础绘图的参数来控制坐标轴和边框：

# 先设置全局绘图参数，指定边框为L型（仅保留x和y轴）
par(bty = "l")

# 绘制预测概率图
plot(prob, 
     xlab = "Age",  # 自定义x轴标签
     ylab = "Predicted Probability",  # 自定义y轴标签
     confint = list(col = "red", alpha = 0.3),  # 置信区间样式
     lines = list(col = "red"),  # 预测线颜色
     rug = TRUE,  # 显示x轴数据分布的rug图
     main = "Predicted Probability vs Age",  # 自定义主标题，空标题写main=""即可
     legacy = TRUE,  # 关键！切换到基础绘图系统，让自定义参数生效
     ylim = c(0, 1),  # 设置y轴范围为0-1
     yaxt = "n"  # 禁用默认的y轴刻度，准备手动绘制
)

# 手动绘制自定义y轴刻度，间隔0.1
axis(2, at = seq(0, 1, by = 0.1))

关键参数解释 #

1. legacy=TRUE：这是解决你问题的核心。plot.eff默认用lattice绘图系统，很多基础绘图的自定义参数（比如ylim、bty）不生效，启用这个参数后，就可以用熟悉的基础R绘图语法来调整外观了。
2. ylim=c(0,1)：直接固定y轴范围在0-1，避免置信区间超出边界。
3. yaxt="n" + axis(2, at=seq(0,1,by=0.1))：先禁用默认y轴，再手动指定刻度位置，完美实现0.1的间隔需求。
4. par(bty="l")：设置绘图边框为L型，自动去掉顶部和右侧的边框，只保留x轴和y轴。

替代方案（不用手动画坐标轴） #

如果你不想手动绘制坐标轴，也可以在plot()里通过axes参数结合legacy=TRUE来设置，代码如下：

par(bty = "l")
plot(prob, 
     xlab = "Age",
     ylab = "Predicted Probability",
     confint = list(col = "red", alpha = 0.3),
     lines = list(col = "red"),
     rug = TRUE,
     main = "",
     legacy = TRUE,
     ylim = c(0, 1),
     axes = list(y = list(at = seq(0, 1, by = 0.1)))
)

这种方式也能实现y轴刻度间隔0.1的需求，不过手动绘制的灵活性更高。

这样调整后，你的绘图应该就能完全符合预期了：y轴覆盖0-1范围、刻度间隔0.1，并且只有x和y轴的边框。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Gret-D