WSL环境下Python3 subprocess调用Python2.7依赖二进制报错求解

• 运行环境：Win10 + WSL Ubuntu，主流程为Python3脚本，需调用依赖Python2.7库的老旧二进制程序martinize，因迁移成本过高未做Python3适配。全程无需单独调用Python2解释器执行代码，仅需通过激活虚拟环境完成二进制程序的依赖加载。
• 手动验证的可运行步骤：

source ../martini_3.0.b.3.2/PythonCrisis/bin/activate
../martini_3.0.b.3.2/martinize -h
deactivate

• 异常表现：将上述步骤写入shell脚本后，手动在Ubuntu终端执行无问题，但Python3脚本通过subprocess调用该shell脚本时，出现报错：

stdout
stderr /home/ubuntu/DE_NOVO_PROTEINS/SCRIPTS/martini_shell.sh: 3: source: not found
Traceback (most recent call last):
  File "/home/ubuntu/miniconda3/lib/python3.8/runpy.py", line 194, in _run_module_as_main
    return _run_code(code, main_globals, None,
  File "/home/ubuntu/miniconda3/lib/python3.8/runpy.py", line 87, in _run_code
    exec(code, run_globals)
  File "../martini_3.0.b.3.2/martinize/__main__.py", line 3, in <module>
  File "<frozen zipimport>", line 259, in load_module
  File "../martini_3.0.b.3.2/martinize/martinize/__init__.py", line 37, in <module>
ModuleNotFoundError: No module named 'core'
DeprecationWarning: 'source deactivate' is deprecated. Use 'conda deactivate'.

• 核心报错为source: not found：这是因为shell脚本的首行shebang声明实际为#!/bin/sh，而非预期的#!/bin/bash。
• Ubuntu系统默认将/bin/sh指向dash shell，dash不支持bash内置的source命令，导致虚拟环境激活步骤直接失败，后续系统无法加载Python2虚拟环境内的依赖库，最终出现ModuleNotFoundError: No module named 'core'的连锁错误。
• 手动在终端执行无问题的原因：交互式终端默认使用bash解释器，执行脚本时未触发shebang指定的dash解释器逻辑，因此可以正常识别source命令。

1. 修正shell脚本首行的shebang声明，将#!/bin/sh修改为#!/bin/bash，保存后重新调用即可。
2. 若不想修改脚本文件，也可在Python3的subprocess调用逻辑中显式指定用bash解释器执行脚本，避免依赖shebang配置：

   import subprocess
   
   result = subprocess.run(
       ["/bin/bash", "/home/ubuntu/DE_NOVO_PROTEINS/SCRIPTS/martini_shell.sh"],
       capture_output=True,
       text=True
   )
   print("stdout", result.stdout)
   print("stderr", result.stderr)
   

3. 可选优化：报错中的DeprecationWarning: 'source deactivate' is deprecated. Use 'conda deactivate'为conda虚拟环境的弃用提示，不影响核心运行，如需消除可将shell脚本内的deactivate替换为conda deactivate。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Anthony Nash