这个问题的核心原因是C++的名字修饰（Name Mangling）机制和C语言的函数命名规则不兼容：

libRNA是用C语言开发的库，它的函数符号在编译后是原始的C风格命名；而C编译器会对函数名进行特殊修饰（比如添加参数类型相关的后缀），用来支持函数重载等特性。当你在C代码里直接调用libRNA的函数时，编译器会生成修饰后的符号，链接阶段就找不到libRNA库中对应的原始C符号，从而抛出"未定义引用"错误。

解决步骤 #

1. 用extern "C"包裹libRNA的头文件引用
   在你的test.cpp文件中，所有引用libRNA头文件的地方，都要放在extern "C"块里，告诉C++编译器按照C语言的规则处理这些函数：

extern "C" {
    // 替换成你实际需要的libRNA头文件，比如ViennaRNA的核心头文件
    #include <ViennaRNA/vienna.h>
    #include <ViennaRNA/utils.h>
}

如果libRNA的头文件本身没有内置extern "C"的条件编译（很多C库的头文件会加，但如果没有的话就需要手动加），这个步骤是必须的。

2. 使用g++编译（更简洁的命令）
   g是专门的C编译器，默认会自动链接C++标准库（libstdc++），所以不需要手动加-lstdc++参数，编译命令可以简化为：

g++ -g -Wall -fopenmp -std=c++11 test.cpp -lRNA -lm -o test.out

如果libRNA的库文件不在系统默认的链接路径里，需要用-L参数指定库所在的目录，比如：

g++ -g -Wall -fopenmp -std=c++11 test.cpp -L/path/to/libRNA/lib -lRNA -lm -o test.out

同时如果头文件不在系统默认路径，还要用-I指定头文件目录：

g++ -g -Wall -fopenmp -std=c++11 test.cpp -I/path/to/libRNA/include -L/path/to/libRNA/lib -lRNA -lm -o test.out

3. 验证链接符号（可选排查步骤）
   如果还是有问题，可以用nm命令查看libRNA库中的符号，确认函数是C风格的（没有C++修饰的符号）：

nm -D /path/to/libRNA/lib/libRNA.so | grep vrna_alloc

输出应该是类似0000000000012345 T vrna_alloc，其中T表示文本段（函数），名字是原始的vrna_alloc，没有奇怪的后缀。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者newandlost