如何用R的ggboxplot整合两个数据集绘制分组箱线图

操作步骤 #

• 整合两个独立数据集为统一长表
  ggboxplot仅支持在单个数据框内完成分组绘制，需要先为两个数据集新增来源标识，再纵向合并为可统一绘图的格式：

  # 为每个数据集添加来源标记
  PatientData$dataset <- "PatientData"
  PatientData2$dataset <- "PatientData2"
  # 纵向拼接为整合数据表
  CombinedData <- rbind(PatientData, PatientData2)
  

• 调整x轴嵌套分组配置
  将x轴设置为双层嵌套结构：外层为数据集名称，内层为原有CALC_ACT分组，即可匹配你需要的排布效果，无需拆分多个绘图对象手动拼接：

  library(ggpubr)
  ggboxplot(CombinedData,
            # x轴嵌套两层分组：先按数据集划分大区块，再按CALC_ACT划分箱线
            x = c("dataset", "CALC_ACT"),
            y = "RATE",
            # 沿用原有配色规则，按CALC_ACT取值匹配对应颜色
            color = "CALC_ACT",
            palette = c("#00AFBB", "#E7B800"),
            # 固定CALC_ACT的展示顺序为No在前、Yes在后
            order = c("No", "Yes"),
            ylab = "Rate",
            # 移除x轴冗余的层级标签
            xlab = "")
  

效果说明 #

生成的图形中，两个数据集的箱线会沿x轴横向紧邻排列：每个数据集对应的No、Yes两组箱线紧挨形成独立区块，数据集名称会自动对齐到对应区块的中点位置，标注在轴下方，完全匹配提出的排布要求。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Soph P