同一LMM经sjPlot tab_model与emmeans contrast校正后p值差异原因问询

研究与模型搭建背景 #

• 数据集覆盖4组实验动物（1个对照组、3个处理组）的握力测试数据，每个试次包含约5次重复测量值，研究目标为检验各处理组与对照组的握力差异
• 使用lme4包的lmer函数构建线性混合效应模型，模型代码为：
  model1<-lmer(griPASTA~group+(1|ID), data=all)
  变量含义说明：
  • griPASTA：握力水平观测值
  • group：实验分组因子
  • ID：动物个体唯一标识，作为随机截距项纳入模型

不同分析工具的结果差异 #

sjPlot::tab_model 输出结果 #

• 未设置p值校正（p.adjust = "none"）时，OHDA 6组与对照组（CTR）的比较p值为0.001
  结果截图链接：未校正状态下tab_model输出结果
• 设置Holm法校正p值（p.adjust = "holm"）时，同一对比项的校正p值为0.004
  结果截图链接：Holm校正状态下tab_model输出结果

emmeans 自定义对比输出结果 #

• 首先提取模型的分组边际均值对象：m1_emm <- emmeans(model1, specs = c("group"))
• 手动设置4个分组的对比向量：

  CTR <- c(1,0,0,0)
  OHDA_12 <- c(0,1,0,0)
  OHDA_6 <- c(0,0,1,0)
  OHDA_6X <- c(0,0,0,1)
  

• 未设置p值校正（adjust = "none"）时，OHDA 6与CTR对比的未校正p值为0.0033
  对应代码：

  m1_simple<-contrast(m1_emm, method = list(
    "CTR - OHDA 12" = CTR - OHDA_12,
    "CTR - OHDA 6"= CTR - OHDA_6,
    "CTR - OHDA 6 w/o REB"= CTR - OHDA_6X
  ), adjust = "none") %>% summary(infer = T)
  

  结果截图链接：无校正状态下emmeans输出结果
• 设置Holm法校正p值（adjust = "holm"）时，同一对比项的校正p值为0.01
  对应代码：

  m1_simple<-contrast(m1_emm, method = list(
    "CTR - OHDA 12" = CTR - OHDA_12,
    "CTR - OHDA 6"= CTR - OHDA_6,
    "CTR - OHDA 6 w/o REB"= CTR - OHDA_6X
  ), adjust = "holm") %>% summary(infer = T)
  

  结果截图链接：Holm校正状态下emmeans输出结果

待解决问题 #

同一OHDA 6与CTR的对比项，两种工具得到的Holm校正p值存在明显差异：tab_model输出校正p值为0.004，emmeans contrast输出校正p值为0.01。需明确二者校正逻辑的差异来源，以及对应规范的分析处理方案。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者jan