安装R包DropletUtils出现undefined symbol错误的调试求助

报错根因 #

你遇到的__ubsan_vptr_type_cache未定义符号报错，本质是编译阶段添加了UBSAN（未定义行为检测工具）的编译参数，但运行加载时找不到对应的ubsan运行时库导致的。

调试步骤 #

• 检查R全局编译配置
  你删除的是用户目录下的自定义配置，还要排查系统级R配置：查看/usr/lib/R/etc/Makeconf、/usr/lib/R/etc/Renviron.site文件，确认是否有遗留的-fsanitize=undefined之类的sanitizer编译参数，这类参数如果是全局配置的，会作用于所有R包的编译过程。
• 验证编译工具链一致性
  先执行以下命令确认R当前调用的编译器版本：

  R CMD config CC
  R CMD config CXX
  

  确认系统没有多版本GCC冲突后，下载DropletUtils源码手动编译，观察编译输出是否带有sanitizer相关参数：

  # 下载源码到当前目录
  BiocManager::install("DropletUtils", type = "source", destdir = ".")
  

  解压源码包后进入目录，执行R CMD INSTALL .查看完整编译日志。
• 临时覆盖编译参数安装
  终端执行以下命令启动R，临时覆盖全局编译参数后重试安装：

  CFLAGS="-O2" CXXFLAGS="-O2" R
  

  启动R后再执行安装命令：

  BiocManager::install("DropletUtils")
  

• 重装依赖包
  DropletUtils依赖的Rhtslib、beachmat、scuttle等包如果之前带UBSAN参数编译，也会传导报错，执行命令强制重装这些依赖：

  BiocManager::install(c("Rhtslib", "beachmat", "scuttle"), force = TRUE)
  

• 补全ubsan依赖
  执行ldd命令查看编译生成的so文件依赖情况：

  ldd /home/alan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0/00LOCK-DropletUtils/00new/DropletUtils/libs/DropletUtils.so
  

  如果输出中有ubsan相关库标记为not found，执行命令安装对应依赖：

  sudo apt install libubsan0
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者alan ocallaghan